公开(公告)号：CN109182539B

公开(公告)日：2023-09-22

申请号：CN201811173459.6

申请日：2018-10-09

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 陈宏 ,  马懿磊 ,  曹修凯 ,  程杰 ,  黄永震 ,  马云 ,  雷初朝

IPC: C12Q1/6888

Abstract: 本发明公开了一种黄牛IGF1R基因插入/缺失的检测方法及其应用。以包含IGF1R基因的待测全基因组DNA为模板，以参照牛全基因组设计的引物对P1为引物，通过PCR技术扩增IGF1R基因，再进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定IGF1R基因在AC_000178.1:g 8086838‑8086865位点存在不同的基因型。结果发现，IGF1R基因28‑bp插入/缺失的不同类型与晋南牛体斜长、胸围和体重等生长性状之间存在显著相关，提示IGF1R基因28‑bp插入/缺失的不同类型可作为提高黄牛生长发育性状的DNA标记。本发明有利于快速建立生长发育性状优良的黄牛遗传资源群体。

公开(公告)号：CN110079615B

公开(公告)日：2022-07-19

申请号：CN201910498477.X

申请日：2019-06-10

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 陈宏 ,  程杰 ,  曹修凯 ,  胡林勇 ,  黄永震 ,  蓝贤勇

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/686 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明公开了一种检测茶卡羊KMT2D基因CNV标记的方法及其应用：所述的CNV标记是指茶卡羊KMT2D基因候选区域Chr3:136830401‑136832800内的拷贝数变异，以茶卡羊基因组DNA为模板，通过实时荧光定量PCR分别扩增茶卡羊KMT2D基因CNV区域和内参基因ANKRD1部分片段，根据2*2‑ΔCt将定量结果分为增加型、减少型和正常型。本发明在DNA水平上检测与茶卡羊体长性状密切相关的CNV标记，可作为茶卡羊生长性状的标记辅助选择的重要候选分子标记，以便快速建立遗传资源优良的茶卡羊种群。

公开(公告)号：CN111676273A

公开(公告)日：2020-09-18

申请号：CN202010599560.9

申请日：2020-06-28

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 陈宏 ,  曹修凯 ,  程杰 ,  王晓刚 ,  黄永震 ,  蓝贤勇 ,  雷初朝

IPC: C12Q1/6851 ,  G16B20/30 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种检测牛成肌细胞HMGA2基因增强子的方法。根据染色质开放性高通量测序数据分析和序列保守性，并结合双荧光素酶载体报告系统，筛选具备增强子活性的牛HMGA2基因序列片段，根据Hi-C数据分析确定筛选片段中与HMGA2基因启动子产生远距互作的序列，利用CRISPRi系统和实时荧光定量PCR技术验证序列片段功能。本发明从分子和细胞两个水平鉴定出可以促进牛成肌细胞HMGA2基因表达的增强子，可以用于肉牛的基因编辑和转基因育种，从而加快优良肉牛群体选育进程。

公开(公告)号：CN111560421A

公开(公告)日：2020-08-21

申请号：CN202010550697.5

申请日：2020-06-16

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 陈宏 ,  曹修凯 ,  程杰 ,  王晓刚 ,  黄永震 ,  蓝贤勇 ,  雷初朝

IPC: C12Q1/6858 ,  C12Q1/6888 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明公开了一种夏南牛HMGA2基因Indel标记的检测方法及应用；以夏南牛的基因组DNA为模板，通过PCR扩增夏南牛HMGA2基因部分片段，并利用琼脂糖凝胶电泳对夏南牛个体HMGA2基因chr5:48094736-48094742的7bp插入缺失突变位点快速分型；该检测方法可以在DNA水平上筛查和检测与夏南牛体高密切相关的分子遗传标记，并应用于夏南牛体高的分子标记辅助选择，从而加快夏南牛品种改良的选育进程。

公开(公告)号：CN107400720B

公开(公告)日：2020-04-21

申请号：CN201710808013.5

申请日：2017-09-08

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 黄永震 ,  徐嘉威 ,  郑立 ,  张静 ,  贺花 ,  文逸凡 ,  张子敬 ,  曹修凯 ,  宋成创 ,  雷初朝 ,  陈宏

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6851

Abstract: 本发明公开了一种KLF3基因CNV标记辅助检测黄牛生长性状的方法及其专用试剂盒。基于实时荧光定量PCR技术，以黄牛基因组DNA为模板，扩增黄牛KLF3基因的拷贝数变异区域，并扩增牛通用转录因子BTF3基因作为内参，最后利用2‑ΔΔCt方法计算并判定个体的拷贝数变异类型。本发明提供的方法为建立牛KLF3基因拷贝数变异与生长性状之间的关联奠定了基础，有利于加快黄牛分子标记辅助选择育种工作，该方法简单，快速，便于推广应用。

公开(公告)号：CN103243155A

公开(公告)日：2013-08-14

申请号：CN201310003906.4

申请日：2013-01-06

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 陈宏 ,  王璟 ,  曹修凯 ,  潘虹 ,  滑留帅 ,  蓝贤勇 ,  胡沈荣 ,  雷初超

IPC: C12Q1/68

Abstract: 本发明公开了一种检测黄牛CIDEC基因5’调控区多个单核苷酸多态性的方法，以包含CIDEC基因的待测黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P（P1、P2、P3）为引物，PCR扩增黄牛CIDEC基因；用限制性内切酶HaeIII、AccI、HaeIII分别消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛CIDEC基因第-974位、第-956位、第-501位的单核苷酸多态性，因为完全连锁，第-956位的多态性也代表了第-841,-763,-727和-546位的多态性、第-501位的多态性也代表了第-643位的单核苷酸多态性，这样检测三个位点的多态性就可以得到九个位点的多态信息。本发明提供的检测方法为CIDEC基因的单核苷酸多态性与生长性状关系的建立奠定了基础，以便用于中国黄牛肉用生长性状的标记辅助选择（MAS），快速建立遗传资源优良的黄牛种群。