公开(公告)号：CN109706236B

公开(公告)日：2021-08-13

申请号：CN201910108157.9

申请日：2019-02-02

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  林堪德 ,  郑东洋 ,  陶申童 ,  冯逸龙 ,  陈莉芬 ,  张鹏越

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开一种利用微球菌核酸酶鉴定植物基因组开放性染色质位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联植物材料；(2)提取纯化植物材料的细胞核；(3)不同浓度的MNase酶切消化细胞核；(4)1.5％琼脂糖凝胶电泳检测MNase酶切效果；(5)选取合适的MNase酶切细胞核DNA再次进行1.5％琼脂糖凝胶电泳分离，回收DNA片段构建Illumina测序文库并进行测序；(6)对测序数据进行生物信息学分析，鉴定全基因组MH位点。整个方法流程简单，耗时较短，一个周期大约需要2.5天，酶切效果可视化效果强，适合应用于多数植物物种。可直接用于鉴定功能性DNA元件的核心区域。

公开(公告)号：CN111304217B

公开(公告)日：2020-11-10

申请号：CN202010179836.8

申请日：2020-03-13

Applicant: 南京林业大学 ,  南京农业大学

Inventor： 席梦利 ,  辛昊阳 ,  吴玉峰 ,  张文利 ,  宁仪杭 ,  刘光欣

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明公开一种毛果杨着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列及其应用，属于生物信息学和分子细胞遗传学领域。该发明主要包括：通过对毛果杨着丝粒DNA高通量测序数据的生物信息学分析，筛选出一种着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列。依据该序列设计引物，以毛果杨基因组DNA为模板，经PCR扩增、切胶回收获得目的片段。通过探针标记、染色体制片、荧光原位杂交验证了该序列位于着丝粒区。本发明提供的着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列不仅可以准确标记杨树着丝粒的位置，以构建高质量核型图，也为开展杨树着丝粒的结构、功能及进化研究奠定基础，在杨树分子细胞遗传学及基因组学研究领域具有广阔的应用前景。

公开(公告)号：CN105950641B

公开(公告)日：2019-06-14

申请号：CN201610438482.8

申请日：2016-06-18

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张文利 ,  汪西蒙 ,  方圆 ,  王磊 ,  潘秀才

IPC: C12N15/60 ,  C12N9/88 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00

Abstract: 本发明公开了一个嵌合型RbcS cTP基因及其表达载体和应用。该基因由拟南芥RbcS cTP的N‑端插入到玉米RbcS cTP的N‑端和中间结构域之间形成，其cDNA序列如SEQ ID NO.2所示。玉米RbcS cTP基因，其cDNA序列如SEQ ID NO.1所示。所述的嵌合型RbcS cTP基因能在将外源基因转入到单子叶和/或双子叶植物叶绿体中应用。