公开(公告)号：CN116153404A

公开(公告)日：2023-05-23

申请号：CN202310182496.8

申请日：2023-02-28

Applicant: 成都信息工程大学

Inventor： 张永清 ,  王紫轩 ,  邹权 ,  喻云 ,  牛颢 ,  丁春利 ,  吴锡 ,  张峻铭 ,  刘宇航 ,  熊术文 ,  王茂丞

IPC: G16B25/00 ,  G16B40/00 ,  G06N3/0455

Abstract: 本发明公开了一种单细胞ATAC‑seq数据分析方法，通过提取单细胞分辨率的染色质可达性特征峰序列中转录因子‑DNA结合基元的所属种类、相对位置、长距离依赖关系等众多转录调控语法规则，从而更全面地表示单个细胞的功能状态和高阶特征。此外，本发明方法利用获取的转录调控语法规则、细胞功能状态和高阶特征，一站式地实现染色质可达性预测、细胞类型注释、染色质可达性图谱降噪、转录因子活性推断等一系列下游分析任务。

公开(公告)号：CN115938592B

公开(公告)日：2023-05-05

申请号：CN202310220890.6

申请日：2023-03-09

Applicant: 成都信息工程大学

Inventor： 张永清 ,  邹权 ,  熊术文 ,  牛颢 ,  丁春利 ,  吴锡 ,  王紫轩 ,  刘宇航 ,  罗洪 ,  王茂丞

IPC: G16H50/30 ,  G06F18/25 ,  G16B20/10 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/0455 ,  G06N3/08

Abstract: 本发明公开了一种基于局部增强图卷积网络的癌症预后预测方法，属于医学技术领域，包括以下步骤：S1：获取多组学数据和通路原始数据，并利用多组学数据路和通路原始数据构建无向图；S2：对无向图进行局部增强；S3：利用图卷积网络对局部增强后的无向图进行特征提取和特征融合，得到整体特征映射组合；S4：根据整体特征映射组合，构建比例风险模型，将整体特征映射组合输入至比例风险模型中，确定患者生存风险。本发明通过对癌症相关组学数据构建图神经网络学习，对患者进行预后预测及分析，可以为生物实验提供一定指导，从而有效减少实验时间与节省实验成本。

公开(公告)号：CN115810398A

公开(公告)日：2023-03-17

申请号：CN202211696499.5

申请日：2022-12-28

Applicant: 成都信息工程大学

Inventor： 张永清 ,  邹权 ,  刘宇航 ,  吴锡 ,  王紫轩 ,  熊术文 ,  王茂丞 ,  喻云 ,  林天华 ,  向艳辉

IPC: G16B30/10 ,  G16B5/00

Abstract: 本发明公开了一种基于多特征融合的TF‑DNA结合识别方法，包括：S1：获得人类常见组织的五种与转录因子结合相关的原始数据；S2：对多种数据进行预处理；S3：对预处理后的原始数据中的DNA序列数据进行数据编码处理；S4：对预处理后的原始数据中的其他数据进行归一化处理；S5：利用多特征融合的自注意力机制和卷积神经网络对编码后的DNA序列数据和归一化后的数据进行全局依赖提取、特征提取和特征融合，得到整体特征映射组合；S6：根据整体特征映射组合，对多特征融合的TF‑DNA结合识别模型进行训练，得到训练后的多特征融合的TF‑DNA结合识别模型；S7：利用训练后的多特征融合的TF‑DNA结合识别模型对待识别数据进行识别。