公开(公告)号：CN107085673B

公开(公告)日：2020-05-01

申请号：CN201710120750.6

申请日：2017-03-02

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  宋跃朋 ,  次东

IPC: G16B15/30

Abstract: 本发明提供了一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法，包括筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs及其靶基因；并对靶基因表达模式进行分析；按照靶基因表达模式进行植物响应逆境胁迫的lncRNAs分组；对响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块富集分析；给出响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块功能注释。本发明的lncRNAs序列模块功能注释方法结合生物信息学与差异表达分析对植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块进行注释，不但极大地提高了实验的效率、精准性以及灵活性，并显著地降低了实验成本。

公开(公告)号：CN107085673A

公开(公告)日：2017-08-22

申请号：CN201710120750.6

申请日：2017-03-02

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  宋跃朋 ,  次东

IPC: G06F19/16

Abstract: 本发明提供了一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法，包括筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs及其靶基因；并对靶基因表达模式进行分析；按照靶基因表达模式进行植物响应逆境胁迫的lncRNAs分组；对响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块富集分析；给出响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块功能注释。本发明的lncRNAs序列模块功能注释方法结合生物信息学与差异表达分析对植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块进行注释，不但极大地提高了实验的效率、精准性以及灵活性，并显著地降低了实验成本。

公开(公告)号：CN106919809A

公开(公告)日：2017-07-04

申请号：CN201710120768.6

申请日：2017-03-02

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  宋跃朋 ,  次东

IPC: G06F19/20

CPC classification number: G06F19/20

Abstract: 本发明提供了一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构功能注释方法，包括筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs与筛选对植物响应逆境胁迫的lncRNAs的候选靶基因；对植物响应逆境胁迫的lncRNAs的靶基因的功能注释；以及对响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构富集分析与功能预测。本发明二级结构功能注释的方法，结合生物信息学与差异表达分析对植物逆境胁迫响应lncRNAs的二级结构进行注释，不但极大地提高了实验的效率、精准性以及灵活性并显著地降低了实验成本。

公开(公告)号：CN106755408A

公开(公告)日：2017-05-31

申请号：CN201611200502.4

申请日：2016-12-22

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  宋跃朋 ,  次东

IPC: C12Q1/68

Abstract: 本发明提供了一种植物等位基因不平衡表达检测方法，包括以下步骤：1)比较候选基因序列，筛选标记等位基因的SNPs位点；2)根据筛选到的SNPs位点设计qPCR特异引物和简并引物；3)用qPCR特异引物和简并引物分别对待测样本的cDNA进行PCR扩增，获得扩增产物；4)若扩增产物的熔解曲线为单峰，根据PCR扩增的Ct值计算待测样本等位基因表达特异性；所述qPCR特异引物包括正向引物和反向引物，对引物3'末端与SNP位点3'末端互补的核苷酸进行LNA修饰。所述方法增加了检测结果的精确性和可靠性，并且简化了实验配套条件，显著地降低了实验成本。