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公开(公告)号：CN110347489B
公开(公告)日：2021-08-03
申请号：CN201910629253.8
申请日：2019-07-12
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于Spark的多中心数据协同计算的流处理方法，多个客户端生成和提交用户的计算任务请求给计算端，计算端解析请求，生成并执行计算指令；本发明对于多中心的数据计算的需求和操作的执行流处理计算，提高程序执行性能和资源分配效率；设置资源管理的日志和RESTFul，准确调控记录来自多中心的Spark请求任务所占用和需求的内存和线程资源；利用最大最小公平原则的策略，执行对流计算中每一步的资源分配；本发明解决了多中心数据协同计算的大批量的线程阻塞延迟问题，减少单个用户的等待时间，提升资源分配的灵活性和公平程度。
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公开(公告)号：CN117334246B
公开(公告)日：2024-06-18
申请号：CN202311284290.2
申请日：2023-09-28
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本说明书公开了一种基于计算的药物重定位的方法、装置及存储介质，获取待检测样本的基因表达数据，将所述基因表达数据输入预先训练的通路异常检测模型，获得若干个通路及所述若干个通路对应的通路异常评分，根据所述若干个通路对应的通路异常评分，确定目标通路，获取待重定位药物的作用基因集，根据目标通路，构建有向图，根据有向图，确定所述作用基因集中的作用基因与所述目标通路中的目标基因的距离，其中，所述有向图为以基因为节点，以基因之间的交互关系为边构建的，根据所述距离，对待重定位药物进行重定位。本方法通过作用基因与目标基因之间的距离，对药物进行重定位，提高了药物重定位的效率。
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公开(公告)号：CN116069956B
公开(公告)日：2023-07-04
申请号：CN202310316952.3
申请日：2023-03-29
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于混合注意力机制的药物知识图谱实体对齐方法及装置，本发明充分解析药物知识图谱中实体与实体之间长、短距离依赖关系，提高药物知识图谱间实体对齐的准确率。加入了对药物知识图谱中实体的固有属性信息的特征提取，同时对不同实体固有属性之间进行弱关联，从而捕捉实体间的非线性关系，进一步提高复杂知识图谱间实体对齐的准确率。本发明可以处理不同语言药物知识库之间的实体对齐问题，从而通过药物知识图谱的对齐方法解决了跨语言知识库之间的设定和构建等异质性问题。
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公开(公告)号：CN115424741B
公开(公告)日：2023-03-24
申请号：CN202211361950.8
申请日：2022-11-02
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于因果发现的药物不良反应信号发现方法及系统。本发明利用电子病历数据发现药物不良反应信号的过程中引入因果关系，最大化的保留真实世界电子病历数据中的数据维度，构建包含因果效应的贝叶斯网络结构，以及同时对用药干预和不良事件发生产生作用的混杂因素集。混杂因素集构建方法从数据出发，无需人工接入和先验知识，最大程度保留真实世界中存在的混杂因素，基于这些混杂因素构建用药干预组与对照组，模拟随机对照实验，使得组间不良反应发生情况的对比具有因果意义，进而生成具有因果关系的药物不良反应信号，在临床指导中具有重要价值。
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公开(公告)号：CN115148375B
公开(公告)日：2022-11-15
申请号：CN202211051408.2
申请日：2022-08-31
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种高通量真实世界药物有效性与安全性评价方法及系统，包括以下步骤：步骤S1：数据集的构建；步骤S2：构建药物有效性/安全性指标表型库；步骤S3：选定目标药物，定义目标事件、结局事件、目标日期、结局日期，并提取患者ID、目标日期和结局日期；步骤S4：在所述药物有效性/安全性指标表型库选定指标，得到目标药物‑有效性/安全性指标对；对所述目标药物‑有效性/安全性指标对利用事件序列对称分析进行高通量信号筛选，得到初筛阳性信号；步骤S5：对所述初筛阳性信号进行因果评估，确定所述目标药物的有效性与安全性。本发明通过高通量信号筛选与基于临床试验模拟的因果评估算法，高通量的完成目标药物的药物效果因果性评价。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114783524A
公开(公告)日：2022-07-22
申请号：CN202210685472.X
申请日：2022-06-17
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于自适应重采样深度编码器网络的通路异常检测系统，包括数据采集模块、数据预处理模块、通路异常检测模型构建模块和通路异常检测模块，本发明利用基于神经网络的深度编码器算法，将个体通路异常情况评估问题转换为异常检测问题，区分异常样本与正常样本，并评估异常样本相较于正常样本的通路异常程度，改进基于主成分曲线的通路异常情况评估算法无法稳定评估通路异常情况的问题。在充分利用先验知识的情况下，富集多个生物功能相近的基因的预后信息，有效评估患者的通路异常情况，可用于肿瘤预后预测准确性的提高，辅助医生制定患者的治疗计划。
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公开(公告)号：CN110362586A
公开(公告)日：2019-10-22
申请号：CN201910629257.6
申请日：2019-07-12
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种无患者数据共享的多中心生物医学数据协同处理系统及方法，该系统包括用于协同各医疗中心模型参数与异步计算的云端服务器和用于对数据开展本地高性能计算的医疗中心客户端；其中云端服务器包括参数管理器和任务调度器；本发明将参数共享机制和异步通信机制通过云端服务器的参数管理器和任务调度器连接管理，共同应用到多中心医学数据协同计算；能够满足医疗中心数据与云端服务器的安全隔离，充分保护医疗中心患者数据的隐私性；同时相比直接同步交换数据计算结果有效减少计算等待时间，大幅提高多中心协同处理的分析效率和数据处理能力。
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公开(公告)号：CN117334246A
公开(公告)日：2024-01-02
申请号：CN202311284290.2
申请日：2023-09-28
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本说明书公开了一种基于计算的药物重定位的方法、装置及存储介质，获取待检测样本的基因表达数据，将所述基因表达数据输入预先训练的通路异常检测模型，获得若干个通路及所述若干个通路对应的通路异常评分，根据所述若干个通路对应的通路异常评分，确定目标通路，获取待重定位药物的作用基因集，根据目标通路，构建有向图，根据有向图，确定所述作用基因集中的作用基因与所述目标通路中的目标基因的距离，其中，所述有向图为以基因为节点，以基因之间的交互关系为边构建的，根据所述距离，对待重定位药物进行重定位。本方法通过作用基因与目标基因之间的距离，对药物进行重定位，提高了药物重定位的效率。
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公开(公告)号：CN116994671B
公开(公告)日：2024-01-02
申请号：CN202311242750.5
申请日：2023-09-25
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本说明书公开了一种基于点云数据快速筛选小分子药物的方法及装置。方法包括：获取靶蛋白对应的受体结构模型，并基于受体结构模型中各原子之间的空间几何关系，确定受体结构模型对应的第一点云数据；根据第一点云数据对受体结构模型进行裁剪，得到目标受体结构模型；针对每个药物分子，确定靶蛋白与该药物分子的复合物结构模型；确定复合物结构模型对应的第二点云数据，并根据第二点云数据中的每个原子点对应的位置信息、每个原子点对应原子的类型信息以及每个原子点对应原子的结构信息中的至少一种，构建预测模型的输入数据；将输入数据输入预先训练的预测模型中，确定结合亲和力；根据每个药物分子与靶蛋白之间的结合亲和
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公开(公告)号：CN116166698B
公开(公告)日：2023-09-01
申请号：CN202310092736.5
申请日：2023-01-12
Applicant: 之江实验室
IPC: G06F16/2455 , G06F16/2457 , G06F16/215 , G06F16/22 , G16H40/20
Abstract: 本发明公开了一种基于通用医疗术语的快速构建队列方法，该方法包括：步骤1、获取患者的原始医疗数据，对所述原始医疗数据进行过滤并采用OMOP标准化模型对过滤后的原始医疗数据进行整理归类；步骤2、根据步骤1中完成归类的原始医疗数据与通用医疗术语库进行匹配，获得原始医疗数据中医疗概念术语对应的概念编号，并将所述概念编号与原始医疗数据组合存入源数据库；步骤3、根据用户输入的筛选逻辑，对步骤2中源数据库的数据进行聚合筛选，生成对应筛选结果的医疗数据队列。本发明还提供了一种快速构建队列系统。本发明提供的方法可以提高规范化医疗数据，同时缩短医疗数据的检索耗时，还能保证最终筛选结果的精确度。
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