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公开(公告)号：CN115954048A
公开(公告)日：2023-04-11
申请号：CN202310004646.6
申请日：2023-01-03
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本说明书公开了一种针对CRISPR‑Cas系统的筛选方法及装置，可以获取CRISPR‑Cas系统的相关信息以及对应的标注信息，CRISPR‑Cas系统对应的标注信息用于表示该CRISPR‑Cas系统是否具有自处理能力；而后，可以根据该相关信息，确定CRISPR‑Cas系统中的保守重复序列，并根据保守重复序列，确定该CRISPR‑Cas系统对应的基因特征，进而对预测模型进行训练，训练后的预测模型可以用于筛选出用于基因编辑工具开发的目标CRISPR‑Cas系统，本方法通过自动筛选出一批存在较大概率具有自处理能力的CRISPR‑Cas系统，能够提高基因编辑工具的开发的效率。
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公开(公告)号：CN115312122A
公开(公告)日：2022-11-08
申请号：CN202211245583.5
申请日：2022-10-12
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种CRISPR‑Cas酶可突变位点推荐方法和装置，该方法分三个层次推荐蛋白突变位点：1）基于蛋白质碱性氨基酸比例推荐单突变位点；2）基于蛋白3D结构空间距离推荐双突变位点；3）基于空间距离聚类推荐多突变位点。本发明在蛋白质序列同源比对的基础上，利用同源蛋白的碱性氨基酸比例、蛋白质3D结构空间距离等信息预测、排序、推荐可突变位点，相较于传统的定向进化技术实现了可突变位点的高效筛选，降低了寻找可突变位点的湿实验成本，其实现方法简单灵活、使用推荐的位点进行突变得到的Cas酶活性显著增强。这些优势使得基于本发明的CRISPR‑Cas酶活性增强工具在基因功能研究、致病位点修复等多种领域具有较高的应用价值。
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公开(公告)号：CN117965496A
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202410056902.0
申请日：2024-01-15
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了涉及缺失部分整合酶的可编程核酸酶及其应用，涉及生物技术领域。利用本发明所述的新核酸酶进行细胞内源位点编辑时，可以克服传统的Cas12a内源位点编辑效率低的不足，提高Cas12a系统应用范围。这些优势使得本发明的新Cas12a核酸酶应用范围更广。
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公开(公告)号：CN117727365A
公开(公告)日：2024-03-19
申请号：CN202311710888.3
申请日：2023-12-13
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于多模态预训练大模型的蛋白质逆向折叠方法、设备，该方法包括：收集蛋白质结构和蛋白质序列配对数据进行预处理，构建训练集、验证集和测试集；基于蛋白质结构，通过预训练好的蛋白质结构编码器获取蛋白质的结构表征；通过蛋白质结构适配器将蛋白质的结构表征转换为序列生成的结构指导；运用自回归方法预训练蛋白质大语言模型，将序列生成的结构指导与蛋白质语言起始符进行拼接后输入到预训练好的蛋白质大语言模型中生成与蛋白质结构配对的蛋白质序列；使用评估指标对生成的蛋白质序列进行评估。本发明即使在训练数据较少的情况下也能够有较高的生成准确度，有利于提高逆向折叠的准确度与生成序列的广泛性与创新性。
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公开(公告)号：CN116396952A
公开(公告)日：2023-07-07
申请号：CN202310024734.2
申请日：2023-01-06
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种先导编辑系统及基因编辑方法。所述先导编辑系统包括具有核酸酶活性的先导编辑器、包含同源序列模板的pegRNA，还包括具有非同源末端修复抑制性的蛋白。本发明在核酸酶先导编辑器的基础上引入一种非同源末端修复抑制性蛋白，显著降低了非精准编辑提高编辑产物的纯度；同时，我们也对修复依赖的同源序列长度进行优化，通过效率比较找到了最佳的长度，即20bp的同源序列长度；这两种优化方式结合进一步提高了精准编辑效率。基于同源依赖性的修复方式，uPEn能够实现高效的小片段插入、删除和替换编辑，并且在传统先导编辑器难以编辑的位点也能实现高效编辑，这将有利于进一步扩大先导编辑工具的实用性。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN116064517A
公开(公告)日：2023-05-05
申请号：CN202210904650.3
申请日：2022-07-29
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种先导编辑gRNA的产生方式及其用途，本发明提供一种先导编辑gRNA的产生方式，使用RNA聚合酶II类启动子转录先导编辑所需的pegRNA和nicking sgRNA。本发明使用RNA聚合酶II类启动子代替传统的RNA聚合酶III类启动子，来产生包含于内含子中的先导编辑gRNA，得到了新型先导编辑工具p2PE3，利用Doxycycline来控制先导编辑gRNA的产生，从而实现可控的先导编辑，这将有利于进一步扩大先导编辑工具的实用性。
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公开(公告)号：CN117402853A
公开(公告)日：2024-01-16
申请号：CN202311327109.1
申请日：2023-10-12
Applicant: 之江实验室
IPC: C12N9/22 , C12N15/55 , C12N15/113 , C12N15/70
Abstract: 本发明公开了一种具有DNA切割活性的Cas12m蛋白及其应用，涉及基因编辑领域。本发明提供了一种新型的Cas12m亚型蛋白，命名为IMGVR_18，该Cas12m亚型蛋白具有明显的DNA切割活性，在基因编辑领域中具有潜在的应用前景。本发明IMGVR_18蛋白和crRNA复合体构成CRISPR/Cas12m系统，能准确定位靶向DNA序列，并产生切割，使DNA断裂损伤。
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公开(公告)号：CN117352087A
公开(公告)日：2024-01-05
申请号：CN202311278183.9
申请日：2023-09-28
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本说明书公开了一种Cas1蛋白的预测方法、装置、介质及电子设备，在此方法中，通过训练若干个子预测模型，得到每个子预测模型对应的目标子预测模型，并根据若干个目标子预测模型，来构建集成模型，实际应用中，将目标蛋白信息输入到集成模型中后，集成模型中包含的若干个子预测模型会对目标蛋白信息进行预测，进而，集成模型综合根据若干个子预测模型对应的多个子预测结果，来得到目标蛋白信息是Cas1蛋白的预测结果，据此来筛选Cas1蛋白，在一定程度上提高筛选结果的准确性。
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公开(公告)号：CN117334254A
公开(公告)日：2024-01-02
申请号：CN202311335418.3
申请日：2023-10-16
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本申请涉及一种RNA相似度分析图计算方法、装置、设备和介质，其中，RNA相似度分析图计算方法包括：将被查找RNA的序列数据转换为被查找RNA结构图；对所述被查找RNA结构图与目标RNA结构图进行相似性分析，得到第一相似度；确定所述被查找RNA结构图中基础组成结构的数量，并基于所述被查找RNA结构图中基础组成结构的数量与所述目标RNA结构图中基础组成结构的数量，得到第二相似度；基于所述被查找RNA结构图中的基础组成结构，对所述被查找RNA结构图进行重构，生成被查找RNA高阶图；对所述被查找RNA高阶图与目标RNA高阶图进行相似性分析，得到第三相似度；基于第一相似度、第二相似度以及第三相似度，获得被查找RNA与目标RNA的最终相似度，提高了计算的准确性。
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公开(公告)号：CN116179513B
公开(公告)日：2023-12-22
申请号：CN202310258665.1
申请日：2023-03-10
Applicant: 之江实验室
IPC: C12N9/22 , C12N15/55 , C12N15/113
Abstract: 本发明公开了一种Cpf1蛋白及其在基因编辑中的应用，涉及生物技术领域。本发明提供了一种新型Cas12a核酸酶，命名为Cas12a‑68蛋白酶，它的PAM识别范围比传统的核酸酶更大，可以识别多种基因的靶点。利用本发明所述的新核酸酶在编辑核酸片段时，可以克服传统的Cas12a的不足，提高PAM的识别范围。这些优势使得本发明更加适用于范围更广的核酸片段编辑，在基因编辑应用中奠定了基础。
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