公开(公告)号：CN111370063B

公开(公告)日：2021-09-10

申请号：CN202010207692.2

申请日：2020-03-23

Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司

Inventor： 顾胤聪 ,  肖云平 ,  王树伟 ,  史贤俊 ,  林博 ,  刘钰钏

IPC: G16B30/00

Abstract: 本发明提出了一种基于Pacbio数据的MSI微卫星不稳定性检测方法，包括以下步骤：步骤一：测序错误的校正，利用ccs软件将Pacbio测序结果的subreads校正为CCS序列，min‑passes>＝10；步骤二，检测MSI‑PCR上下游引物的位置，并提取产物序列；步骤三，根据MSI核心区域旁邻20bp的特异性序列，进一步提取产物序列中的核心序列；步骤四，旁邻特异性序列是反向比对的，需要对核心序列进行反向互补转化；步骤五，根据给定的microsatellite motif，检测产物序列或核心序列中motif的重复次数以及motif之间的嵌合序列；步骤六，筛选重复次数>＝3的motif，保留它们之间的嵌合序列，作为MSI序列；步骤七，统计全部MSI序列的频次和频率，过滤频率小于5％的MSI序列；考虑到肿瘤的异质性，肿瘤组织样本可以放宽过滤阈值。

公开(公告)号：CN111709219B

公开(公告)日：2021-06-18

申请号：CN202010349145.8

申请日：2020-04-28

Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司

Inventor： 肖云平 ,  公光业 ,  范美婷 ,  郝瑜琪 ,  王树伟 ,  史贤俊 ,  林博 ,  刘钰钏

IPC: G06F40/169 ,  G06F40/174 ,  G06F40/18 ,  G06F40/166 ,  G06T11/40 ,  G16B45/00 ,  G06F16/81

Abstract: 本发明提供了单组学及多组学KEGG PATHWAY map表达热图个性化展示的方法及应用，在多组学联合的KEGG PATHWAY map中，通过颜色标尺以及元素填充色、元素图形展现等方式同时批量呈现各组学元素在各KEGG PATHWAY map中的表达、差异水平及其显著性。基于此发明，可以对KEGG PATHWAY map在单组学，多组学范围内进行拓展，可批量处理、可个性化修改，可从转录、蛋白和代谢中单一组学到多组学以不同尺度不同形式清晰具体展示其中元素的表达及显著性。