公开(公告)号：CN102809600A

公开(公告)日：2012-12-05

申请号：CN201210249904.9

申请日：2012-07-19

Applicant: 复旦大学

Inventor： 聂爱英 ,  张磊 ,  晏国全 ,  姚鋆 ,  张扬 ,  贺福初 ,  杨芃原 ,  陆豪杰

IPC: G01N27/62

Abstract: 本发明涉及蛋白质组学技术领域，具体为一种用于一级相同质量二级b，y碎片离子对定量方法的数据分析方法，该方法采用Matlab语言编写，在Matlab界面下运行，其基于SEQUEST搜索引擎得到的蛋白定性结果，通过提取串级质谱中b，y碎片离子对的峰强度信息，做比值后得到肽段和蛋白的定量信息。该方法还加入了一个“谱图拆分”的优化模块，减少了b，y碎片离子对共碎裂谱图对肽段正确定性的影响。本发明还构造z统计量计算定量蛋白的显著性，为确定实际样品中上下调变化蛋白提供参考依据。本发明为一级相同质量二级b,y碎片离子对的定量蛋白质组学新方法的发展和应用，提供了一个通用的、开放的、准确的定量分析手段。

公开(公告)号：CN102243218B

公开(公告)日：2013-11-27

申请号：CN201110123885.0

申请日：2011-05-13

Applicant: 复旦大学

Inventor： 聂爱英 ,  张磊 ,  晏国全 ,  姚鋆 ,  张扬 ,  贺福初 ,  杨芃原 ,  陆豪杰

IPC: G01N30/02 ,  G01N30/06

Abstract: 一种基于细胞培养和串级质谱的蛋白质组学相对定量方法。在细胞培养过程中加入相同质量增加的重同位素标记的精氨酸或赖氨酸，细胞蛋白提取液按不同比例混合，经过特异性内切酶Lys-N和Arg-C酶解后，直接2D-LC-MS/MS分析，提取串级质谱中具有固定质量增加的b,y碎片离子对的峰强度，做比值后确定相应肽段和蛋白的相对量，该方法克服了一级质谱定量的复杂度增加的问题和同重同位素标签串级质谱定量的低质量端抑制效应，提高了一级质谱信号的灵敏度，同时由于在串级质谱中采用多对b,y碎片离子对进行定量，从而保证了该定量方法的准确性和可靠性。为定量蛋白质组学的研究和发展，提供了一个新的方法和技术平台。

公开(公告)号：CN102243218A

公开(公告)日：2011-11-16

申请号：CN201110123885.0

申请日：2011-05-13

Applicant: 复旦大学

Inventor： 聂爱英 ,  张磊 ,  晏国全 ,  姚鋆 ,  张扬 ,  贺福初 ,  杨芃原 ,  陆豪杰

IPC: G01N30/02 ,  G01N30/06

Abstract: 一种基于细胞培养和串级质谱的蛋白质组学相对定量方法。在细胞培养过程中加入相同质量增加的重同位素标记的精氨酸或赖氨酸，细胞蛋白提取液按不同比例混合，经过特异性内切酶Lys-N和Arg-C酶解后，直接2D-LC-MS/MS分析，提取串级质谱中具有固定质量增加的b,y碎片离子对的峰强度，做比值后确定相应肽段和蛋白的相对量，该方法克服了一级质谱定量的复杂度增加的问题和同重同位素标签串级质谱定量的低质量端抑制效应，提高了一级质谱信号的灵敏度，同时由于在串级质谱中采用多对b,y碎片离子对进行定量，从而保证了该定量方法的准确性和可靠性。为定量蛋白质组学的研究和发展，提供了一个新的方法和技术平台。