公开(公告)号：CN118441089B

公开(公告)日：2025-03-14

申请号：CN202410666316.8

申请日：2024-05-27

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 权明洋 ,  蒋永森 ,  齐薇娜 ,  李蕴洲 ,  杜庆章 ,  张德强

IPC: C12Q1/6895 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明提供了一种Pto‑RAD50基因单倍型在评价植物光合效率中的应用，属于植物分子育种技术领域。本发明所述Pto‑RAD50基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；所述Pto‑RAD50基因单倍型根据SNP1、SNP2和InDel的核苷酸确定，所述SNP1为SEQ ID NO：1的第172位的核苷酸，所述核苷酸为C或A；所述SNP2为SEQ ID NO：1的第442位的核苷酸，所述核苷酸为A或G；所述InDel为SEQ ID NO：1的第422位后的核苷酸为ATTATTTTAATA或缺失ATTATTTTAATA。通过测定上述三个位点的基因型组合能够准确地判断杨树的光合效率，在杨树生长早期准确、高效筛选高光合效率的优株，有效缩短育种周期。

公开(公告)号：CN118441089A

公开(公告)日：2024-08-06

申请号：CN202410666316.8

申请日：2024-05-27

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 权明洋 ,  蒋永森 ,  齐薇娜 ,  李蕴洲 ,  杜庆章 ,  张德强

IPC: C12Q1/6895 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明提供了一种Pto‑RAD50基因单倍型在评价植物光合效率中的应用，属于植物分子育种技术领域。本发明所述Pto‑RAD50基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；所述Pto‑RAD50基因单倍型根据SNP1、SNP2和InDel的核苷酸确定，所述SNP1为SEQ ID NO：1的第172位的核苷酸，所述核苷酸为C或A；所述SNP2为SEQ ID NO：1的第442位的核苷酸，所述核苷酸为A或G；所述InDel为SEQ ID NO：1的第422位后的核苷酸为ATTATTTTAATA或缺失ATTATTTTAATA。通过测定上述三个位点的基因型组合能够准确地判断杨树的光合效率，在杨树生长早期准确、高效筛选高光合效率的优株，有效缩短育种周期。

公开(公告)号：CN118086473A

公开(公告)日：2024-05-28

申请号：CN202410223669.0

申请日：2024-02-28

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  齐薇娜 ,  权明洋

IPC: C12Q1/686 ,  C12Q1/6869 ,  C12N9/22 ,  C12N15/113

Abstract: 本发明公开了一种基于原生质体高通量筛选林木CRISPR/Cas基因编辑系统候选靶点的方法，属于分子生物学技术领域。本发明提供了一种高通量筛选林木CRISPR/Cas基因编辑系统候选靶点的方法，包括将多个候选靶点构建到表达Cas蛋白的骨架载体中并提取质粒；分离林木原生质体，利用提取的质粒进行瞬时转化；提取经瞬时转化的原生质体DNA，根据靶点区域设计特异性引物，利用PCR扩增，结合Hi‑TOM高通量系统评价多个候选靶点的编辑效率。本发明将高通量平台Hi‑TOM系统与原生质体瞬时转化进行结合，能够快速筛选精准、高效的靶点。

公开(公告)号：CN117737215A

公开(公告)日：2024-03-22

申请号：CN202311761727.7

申请日：2023-12-20

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  黄伟雄 ,  齐薇娜 ,  权明洋

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895 ,  C12N15/82 ,  A01H6/26 ,  A01H5/00 ,  G16B20/20

Abstract: 本发明公开了一种快速评价植物CRISPR/Cas9靶点编辑效率的方法，属于基因编辑技术领域。本发明提供了一种计算植物全基因组CRISPR/Cas9靶点编辑效率的方法，包括：1)选择参考基因组；在目标基因的CDS范围内筛选出最佳基因编辑靶点，并全基因组扫描每个靶点的潜在靶向位点；2)制备原生质体样品，开展基因编辑原生质体瞬时转染，对其DNA文库进行高通量测序；3)将测序数据比对到参考基因组上，提取出靶点区域及潜在脱靶位点区域；4)对每条reads进行分型，并进行统计；5)计算靶点编辑效率。本发明方法可以快速高效地在全基因组水平检测每个靶点的基因编辑效率，具有实用价值和广泛的应用前景。