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公开(公告)号：CN109371166B
公开(公告)日：2021-09-24
申请号：CN201811582470.8
申请日：2018-12-24
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/113
Abstract: 本发明提供了一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法，属于基因表达检测技术领域，所述方法包括以下步骤：1)提取植物样品总RNA，构建链特异性文库；2)用Illumina HiSeq对所述链特异性文库进行双端测序；3)从原始测序数据中筛选circRNAs数据；4)提取circRNAs数据中circRNAs成环处的反向剪接reads；5)对所述反向剪接reads进行单核苷酸变异检测；6)统计所述反向剪接reads中比对到所述SNP位点的不同基因型的reads数，以比对到不同基因型的reads数的比例为不同基因型的表达量比例。所述方法可以高通量、准确检测circRNA等位位点的差异表达。
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公开(公告)号：CN109754844B
公开(公告)日：2020-09-01
申请号：CN201910020480.0
申请日：2019-01-09
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明提供了一种在全基因组水平上预测植物内源siRNAs的方法，属于生物信息学技术领域，所述方法利用MITE‑Hunter在植物全基因组序列数据中检测MITEs元件，并以此为基础，预测24‑nt siRNA，最后运用Pln24NT验证siRNA。本发明联合这两个生物信息学工具能够增加预测通量，进而在大数据量的基础上快速预测出siRNA，并且该方法是一种植物普遍适用的方法。
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公开(公告)号：CN118956891A
公开(公告)日：2024-11-15
申请号：CN202411017757.1
申请日：2024-07-26
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12N15/29 , C12N15/82 , A01H5/00 , A01H6/00 , C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/113 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种杨树抗渗透胁迫基因及其应用。本发明所述杨树抗渗透胁迫基因为NATB CATALYTIC SUBUNIT基因，核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，抑制NATB CATALYTIC SUBUNIT基因在植物体中的表达，能有效提高植株在渗透胁迫条件下的净光合速率，促进根系发生；因此NATB CATALYTIC SUBUNIT基因能用于培育高产、优质、抗渗透新品种，对林木综合抗逆性遗传改良具有极大的应用价值，为创制杨树抗渗透新种质提供了新的思路。
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公开(公告)号：CN109754844A
公开(公告)日：2019-05-14
申请号：CN201910020480.0
申请日：2019-01-09
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明提供了一种在全基因组水平上预测植物内源siRNAs的方法，属于生物信息学技术领域，所述方法利用MITE-Hunter在植物全基因组序列数据中检测MITEs元件，并以此为基础，预测24-nt siRNA，最后运用Pln24NT验证siRNA。本发明联合这两个生物信息学工具能够增加预测通量，进而在大数据量的基础上快速预测出siRNA，并且该方法是一种植物普遍适用的方法。
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公开(公告)号：CN109371166A
公开(公告)日：2019-02-22
申请号：CN201811582470.8
申请日：2018-12-24
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/113
Abstract: 本发明提供了一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法，属于基因表达检测技术领域，所述方法包括以下步骤：1)提取植物样品总RNA，构建链特异性文库；2)用Illumina HiSeq对所述链特异性文库进行双端测序；3)从原始测序数据中筛选circRNAs数据；4)提取circRNAs数据中circRNAs成环处的反向剪接reads；5)对所述反向剪接reads进行单核苷酸变异检测；6)统计所述反向剪接reads中比对到所述SNP位点的不同基因型的reads数，以比对到不同基因型的reads数的比例为不同基因型的表达量比例。所述方法可以高通量、准确检测circRNA等位位点的差异表达。
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