本发明公开了一种甲醇柴油双燃料发动机控制系统，涉及双燃料发动机技术领域，解决了现有甲醇柴油双燃料系统存在燃料混合不均、燃烧不充分、甲醇替代率低、排放甲醛高的技术问题。该系统包括柴油供给单元、柴油汽化单元、柴油收集单元、甲醇供给单元、涡轮增压器和催化还原后处理器；所述柴油供给单元的柴油输出端与柴油汽化单元的柴油输入端连接，所述柴油汽化单元的柴油输出端分别与发动机的进气管路和柴油收集单元的输入端连接，所述柴油收集单元的柴油汽化输出端与发动机的进气管路连接。本发明还公开了一种甲醇柴油双燃料发动机控制方法。本发明大幅降低了污染物排放水平，为内燃机实现降碳目标和高效清洁燃烧提供了关键路径。