本申请公开了一种加氢控制系统及其控制方法和加氢机，加氢控制系统包括加氢管路、氢气冷却装置、流速检测模块、流速调节阀、温度检测模块、压力检测模块和控制器，控制器根据温度检测模块检测的氢气温度、压力检测模块检测的氢气压力和流速检测模块检测的氢气加注流速控制流速调节阀和氢气冷却装置，以动态调整氢气加注流速和氢气冷却装置的制冷功率。本申请能够在保证安全加氢的同时，根据氢气加注流速来动态调整氢气冷却装置中冷却介质的温度，以达到节能减排的效果。