本发明公开了一种制冷机组控制系统及冷藏车。该制冷机组控制系统包括：制冷设备、制冷机组控制器、本地车载控制模块和远程控制模块；本地车载控制模块与制冷机组控制器连接，制冷机组控制器与制冷设备连接；本地车载控制模块用于输出本地控制信号至制冷机组控制器；制冷机组控制器用于获取制冷设备的状态参数，根据本地控制信号和状态参数，控制制冷设备运行；远程控制模块与本地车载控制模块连接，远程控制模块用于通过本地车载控制模块向制冷机组控制器提供远程控制信号，以对制冷设备进行远程控制。本发明实施例的技术方案将制冷机组控制功能集成于车载终端，使仪表板设计美观，且可实现本地控制和远程控制。