本发明提供一种半导体结构的制作方法，该方法包括以下步骤：提供一半导体层，半导体层包括位于顶层的硅层，硅层中设有第一沟槽，第一沟槽中设有二氧化硅填充层；形成多晶硅保护层于半导体层的预设区域表面，多晶硅保护层未遮盖第一沟槽；对半导体层进行湿法刻蚀以减薄二氧化硅填充层的至少一部分；氧化多晶硅保护层以得到二氧化硅牺牲层；去除二氧化硅牺牲层。本发明采用多晶硅保护层代替光阻作为阻挡层，可以完美地挡住不需要被刻蚀的部分，蚀刻液不会从侧面渗透而造成器件质量出现问题。此外，相对于直接去除多晶硅保护层的方案，本发明将多晶硅保护层氧化后再去除的方案可以很好地避免产生颗粒或其它缺陷而影响机台。