一种基于多层图卷积的蛋白质相互作用位点预测方法

    公开(公告)号:CN117577181A

    公开(公告)日:2024-02-20

    申请号:CN202311666705.2

    申请日:2023-12-06

    Applicant: 郑州大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于多层图卷积的蛋白质相互作用位点预测方法,包括(1)获取蛋白质相互作用数据,对进行相互作用的氨基酸位点进行标注;(2)获取构成氨基酸的原子信息,以原子为图的点,原子之间的化学键为图的边,利用图卷积神经网络进行原子层的信息提取,(3)获取构成蛋白质的氨基酸信息,将氨基酸自身信息与原子层传递的信息结合构成图的点,如残基之间的距离小于#imgabs0#则残基之间存在边,利用图卷积神经网络进行氨基酸层的信息提取,(4)将蛋白质特征矩阵通过全连接层得到蛋白质中每个氨基酸位点相互作用的概率;(5)重复上述步骤,不断矫正神经网络;(6)将未标注的蛋白质信息数据输入神经网络中得到预测的相互作用位点。

    基于图神经网络拓扑增强的药物与靶标亲和力的预测方法

    公开(公告)号:CN119418757A

    公开(公告)日:2025-02-11

    申请号:CN202411373501.4

    申请日:2024-09-29

    Applicant: 郑州大学

    Abstract: 基于图神经网络拓扑增强的药物与靶标亲和力的预测方法,能够更好地描述蛋白质的物理化学性质,特别是口袋区域的结构和动力学,能够更好地捕捉DTA预测中的关键模式和特征,从而提高预测的准确性。包括以下步骤:(1)将药物和靶标表示为图的结构,使用蛋白质的氨基酸序列和接触图来构建蛋白质图,药物的分子图基于简化分子线性输入规范字符串;(2)提取药物和靶标的表示,将蛋白质口袋信息整合为拓扑结构,并创建虚拟节点将其纳入残基图中,在获得增强的残基图和分子图之后,使用不同的图神经网络模块来提取表示;(3)将这些表示连接起来并输入到多层感知机中,以预测亲和力。

    面向土地利用分类的随机森林算法

    公开(公告)号:CN115564989A

    公开(公告)日:2023-01-03

    申请号:CN202211150667.0

    申请日:2022-09-21

    Applicant: 郑州大学

    Abstract: 本发明涉及土地利用分类技术领域,公开了面向土地利用分类的随机森林算法,本发明通过设置制作训练集、组成测试样本集、对训练集进行K折划分、根据影像数据和研究区域特性,确定决策树数量k和特征属性数n的范围,建立网格、抽取样本、将多次计算所有树在剩余1份训练样本时的预测效果、导入测试数据集,使用精度评价模型计算最优参数组合的精度等步骤的设置,使得该算法实现了自适应参数调优的随机森林算法,达到了提高土地利用分类精度的目的。并且该算法具有较好的准确率和运算效率,随机森林算法为了降低过拟合的风险性,使用平均决策树方法。同时随机森林具有良好的稳定性,不会受到个别决策树结果的影响。

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