基于结构网络模型的蛋白质功能位点预测方法

    公开(公告)号:CN108830043B

    公开(公告)日:2021-03-30

    申请号:CN201810643576.8

    申请日:2018-06-21

    Applicant: 苏州大学

    Abstract: 本发明涉及一种基于结构网络模型的蛋白质功能位点预测方法,包括:预测蛋白质结合位点;输入关于演化、物理化学性质、结构以及动态性这四个方面衡量蛋白质中每个残基的性质;基于蛋白质的三维结构对每个蛋白质构建其点加权的蛋白质结构网络(Node‑weighted Protein Structure Network,NPSN);定义并计算点加权的蛋白质结构网络的参数;基于以上网络参数,利用随机森林模型预测蛋白质中的别构残基的概率。整合残基物理化学性质、序列信息、蛋白质结构特征、动态特征,节省时间,适用于大规模的、批量蛋白质功能位点预测,并提高预测的准确性。

    基于结构网络模型的蛋白质功能位点预测方法

    公开(公告)号:CN108830043A

    公开(公告)日:2018-11-16

    申请号:CN201810643576.8

    申请日:2018-06-21

    Applicant: 苏州大学

    Abstract: 本发明涉及一种基于结构网络模型的蛋白质功能位点预测方法,包括:预测蛋白质结合位点;输入关于演化、物理化学性质、结构以及动态性这四个方面衡量蛋白质中每个残基的性质;基于蛋白质的三维结构对每个蛋白质构建其点加权的蛋白质结构网络(Node-weighted Protein Structure Network,NPSN);定义并计算点加权的蛋白质结构网络的参数;基于以上网络参数,利用随机森林模型预测蛋白质中的别构残基的概率。整合残基物理化学性质、序列信息、蛋白质结构特征、动态特征,节省时间,适用于大规模的、批量蛋白质功能位点预测,并提高预测的准确性。

    一种前列腺癌诊疗数据平台

    公开(公告)号:CN108206057A

    公开(公告)日:2018-06-26

    申请号:CN201810210341.X

    申请日:2018-03-14

    Applicant: 苏州大学

    Abstract: 本发明公开了一种前列腺癌诊疗数据平台,属于转化医学信息学技术领域。本发明的前列腺癌诊疗数据平台,建立在包含数据库服务器的B/S架构上,包括基本信息管理模块、治疗信息管理模块、随访信息管理模块、分析模块、生活方式信息管理模块以及基因信息管理模块,可用于收集、整理、统计询证医学证据,有助于推动前列腺癌症的精准治疗。

    一种肝癌细胞生长抑制剂及其在肝癌预后判断中的应用

    公开(公告)号:CN108245526A

    公开(公告)日:2018-07-06

    申请号:CN201810068318.1

    申请日:2018-01-24

    Applicant: 苏州大学

    CPC classification number: A61K31/7105

    Abstract: 本发明公开了一种肝癌细胞生长抑制剂及其在肝癌预后判断中的应用,属于生物医药领域。本发明提供的肝癌细胞生长抑制剂miR‑378a‑3p体外能够明显抑制肝癌细胞的增殖、生长、干细胞的自我更新及体外的迁移、侵袭,并能体内抑制肝癌裸鼠皮下、肝原位移植瘤的生长及肝癌细胞的远端肺转移。功能验证结果表明,miR‑378a‑3p在肝癌中担当肿瘤抑制性microRNA的角色。

    一种肝癌诊断标志物及其应用

    公开(公告)号:CN108192970A

    公开(公告)日:2018-06-22

    申请号:CN201810068446.6

    申请日:2018-01-24

    Applicant: 苏州大学

    Abstract: 本发明公开了一种肝癌诊断标志物及其应用,属于生物医药领域。本发明通过microRNA加尾荧光定量PCR的方法分别在肝癌组织标本、肝癌细胞系中检测和验证了4个microRNA在肝癌癌组织、肝癌细胞中的表达差异,获得了可用作肝癌标志物的RNA分子。

    针对RMP基因的siRNA及其应用

    公开(公告)号:CN101612406B

    公开(公告)日:2011-04-20

    申请号:CN200910181337.6

    申请日:2009-07-01

    Applicant: 苏州大学

    Abstract: 本发明公开了针对RMP基因的siRNA及其应用,所述siRNA的正义链序列为:5′-GGA UUU GCU AGC UGA UAA ATT-3’,反义链为:5’-UUU AUC AGCUAG CAA AUC CTT-3′,且成功构建了pGPU6-Neo-RMP-484真核表达载体,同时应用Lipofectamine2000介导法将siRNA转染入SMMC-7721细胞,并获得稳定的阳性克隆,利用RNA干扰技术阻断RMP基因的表达,从而抑制SMMC-7721肝癌细胞的增殖;因此,本发明所述的siRNA和所述pGPU6-Neo-RMP-484表达载体可以用来制备治疗肝癌的药物。

    针对RMP基因的siRNA及其应用

    公开(公告)号:CN101612406A

    公开(公告)日:2009-12-30

    申请号:CN200910181337.6

    申请日:2009-07-01

    Applicant: 苏州大学

    Abstract: 本发明公开了针对RMP基因的siRNA及其应用,所述siRNA的正义链序列为:5’-GGA UUU GCU AGC UGA UAA ATT-3’,反义链为:5’-UUU AUC AGCUAG CAA AUC CTT-3’,且成功构建了pGPU6-Neo-RMP-484真核表达载体,同时应用Lipofectamine2000介导法将siRNA转染入SMMC-7721细胞,并获得稳定的阳性克隆,利用RNA干扰技术阻断RMP基因的表达,从而抑制SMMC-7721肝癌细胞的增殖;因此,本发明所述的siRNA和所述pGPU6-Neo-RMP-484表达载体可以用来制备治疗肝癌的药物。

    直肠癌放化疗疗效相关靶基因的鉴定

    公开(公告)号:CN106367527A

    公开(公告)日:2017-02-01

    申请号:CN201611011511.9

    申请日:2016-11-17

    Abstract: 本发明公开了一种直肠癌放化疗疗效相关靶基因的鉴定方法,其步骤包括:在PubMed数据库中检索直肠癌放化疗相关的microRNA,找到相关microRNA的靶基因,结合直肠癌病人的基因芯片数据以及统计分析,筛选得到与直肠癌放化疗特异相关的基因。本发明通过搜集已报道的与直肠癌密切相关的microRNA,结合microRNA-mRNA调控关系以及基因芯片表达谱数据,并结合临床实验验证得到与直肠癌放化疗特异相关的靶基因。该筛选得到的基因可作为预测直肠癌放化疗疗效的标志物。

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