公开(公告)号：CN116052765A

公开(公告)日：2023-05-02

申请号：CN202310100892.1

申请日：2023-01-18

Applicant: 清华大学

Inventor： 汪小我 ,  王昊晨 ,  许涵文 ,  张鹏程 ,  魏磊

IPC: G16B20/00 ,  G16B40/00 ,  G16B30/20 ,  G06N3/049 ,  G06N3/0442 ,  G06N3/045 ,  G06N3/0475 ,  G06N3/094

Abstract: 本发明公开了一种基于局部序列约束的启动子智能设计方法、装置及应用。本发明中的方法利用“侧翼序列填充”的知识‑模型共驱动学习策略来实现，将已有天然启动子的复杂调控规律利用数据进行学习，使用条件生成对抗网络生成基因调控元件生成模型，并根据先验序列优化其侧翼区域。通过遗传算法和DenseNet结构的预测模型对生成器生成的序列进行迭代优化，最终得到基于先验知识约束的条件式基因调控元件。本发明可用于高效快速的基因元件的设计；用于组成型或诱导型启动子的设计。经检测使用本发明的方法设计的组成型启动子具有高调控表达性能，所设计的诱导型启动子具有高诱导率，其调控性能超过已知天然与合成元件。