一种基于靶标的基因簇定向挖掘方法

    公开(公告)号:CN113053461B

    公开(公告)日:2022-05-10

    申请号:CN202110277189.9

    申请日:2021-03-15

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于靶标的基因簇定向挖掘方法,该方法可以挖掘出与所提供的靶标蛋白质相关的、可能具有次级代谢产物的生物合成基因簇,这些基因簇后续可以通过生物化学实验,验证是否具有产生与靶标蛋白质存在相互作用的活性天然产物的功能。步骤如下:1)构建蛋白质和基因组数据库;2)将靶标蛋白质序列与蛋白质数据库中的蛋白质序列进行序列比对,获得数据库中相似的蛋白质;3)提取相似蛋白质对应的基因组,以及各个基因组中相似蛋白质编码基因的位置;4)检测每个基因组中所含的基因簇位置;5)判断检测出的每个基因簇是否命中,即判断相似蛋白质编码基因是否处于基因簇中;6)进行基因备份分析,取得分较高的基因簇作为挖掘结果。

    一种内生真菌高效遗传体系的构建方法及其应用

    公开(公告)号:CN108265074A

    公开(公告)日:2018-07-10

    申请号:CN201810129024.5

    申请日:2018-02-08

    Applicant: 浙江大学

    CPC classification number: C12N15/80 C12N15/65

    Abstract: 本发明提供一种内生真菌高效遗传体系的构建方法,包括(1)适用于齿梗孢霉的农杆菌转化法;(2)齿梗孢霉体内高表达系统;(3)齿梗孢霉体内荧光表达系统;(4)齿梗孢霉基因定向敲除系统。所述内生菌为齿梗孢霉(Calcarisporium arbuscula)。本发明所提供的内生真菌齿梗孢霉遗传体系,首次建立了齿梗孢霉体内高表达系统,筛选出四个与齿梗孢霉适配的强启动子。本发明可在激活隐性基因簇、化合物生物合成机制以及酶功能研究中的应用。本发明方法设计合理,与现有原生质体转化法相比,其成本低廉、操作简单、实验周期短、转化效率高,为齿梗孢霉的基因工程研究和遗传改造提供材料。

    一种内生真菌高效遗传体系的构建方法及其应用

    公开(公告)号:CN108265074B

    公开(公告)日:2020-10-27

    申请号:CN201810129024.5

    申请日:2018-02-08

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明提供一种内生真菌高效遗传体系的构建方法,包括(1)适用于齿梗孢霉的农杆菌转化法;(2)齿梗孢霉体内高表达系统;(3)齿梗孢霉体内荧光表达系统;(4)齿梗孢霉基因定向敲除系统。所述内生菌为齿梗孢霉(Calcarisporium arbuscula)。本发明所提供的内生真菌齿梗孢霉遗传体系,首次建立了齿梗孢霉体内高表达系统,筛选出四个与齿梗孢霉适配的强启动子。本发明可在激活隐性基因簇、化合物生物合成机制以及酶功能研究中的应用。本发明方法设计合理,与现有原生质体转化法相比,其成本低廉、操作简单、实验周期短、转化效率高,为齿梗孢霉的基因工程研究和遗传改造提供材料。

    环氧化物水解酶及其编码基因和应用

    公开(公告)号:CN114410604B

    公开(公告)日:2023-11-14

    申请号:CN202011172801.8

    申请日:2020-10-28

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了环氧水解酶及其编码基因和应用。本发明从丝状真菌异冠裸胞壳中鉴定出具有催化半频哪醇重排功能的环氧水解酶AstD,并在NCBI数据库中基于同源序列比对,发现具有催化半频哪醇重排功能的同源蛋白MrvD;进一步,构建了高表达AstD或MrvD的基因工程丝状真菌,重构了asteltoxin生物合成途径,培养的基因工程菌可在细胞体内实现高效的半频哪醇重排反应,并应用于天然产物asteltoxin T1的大量制备。本发明有助于定向进化实现高效广谱的半频哪醇重排,为新型生物催化剂的开发并实现手性特异性药物的高效绿色生物合成奠定基础,具有重要的应用前景。

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