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公开(公告)号：CN104699997B
公开(公告)日：2017-05-10
申请号：CN201510131784.6
申请日：2015-03-24
Applicant: 江南大学
IPC: G06F19/12
Abstract: 本发明公开了一种基因组代谢网络模型自动化修正方法，利用了超文本传送协议和Java控件HttpClient相结合、并利用图像处理算法，实现自动提交并分析网站脚本语义，基于KEGG、MetaCyc、MetRxn在线数据库以及多个蛋白区间定位预测网站对基因组规模代谢网络模型进行了自动化断点补齐，同时通过蛋白区间预测结果和权重打分机制确定可信度高的特异性反应，完成代谢网络粗模型的自动化修正过程。利用本发明所述的方法进行基因组代谢网络模型修正的优点是更加省时、方便，且所得修正模型更为全面、准确。
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公开(公告)号：CN105760711A
公开(公告)日：2016-07-13
申请号：CN201610072828.7
申请日：2016-02-02
Applicant: 江南大学
IPC: G06F19/18
CPC classification number: G16B20/00
Abstract: 本发明公开了一种使用KNN计算与相似性比对预测蛋白质亚细胞区间方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、提取蛋白质序列数据集中所有蛋白质序列的AAC特征；步骤2、通过KNN算法，确定预测范围内的蛋白质序列集合；步骤3、进行Blast相似性比对计算，得到最高相似性序列；最高相似性序列所属的区间就是所预测序列的所属区间。本发明的预测准确率较高，尤其在传统方法预测准确率较低的亚细胞类上识别精度明显提高，对准确预测未知蛋白的亚细胞位置具有重要作用。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN103088434B
公开(公告)日：2014-06-04
申请号：CN201210484156.2
申请日：2012-11-23
Applicant: 江南大学
Abstract: 本发明提供一种树干毕赤酵母大片段DNA基因组文库的构建方法，包括如下步骤：（1）提取保藏号为ATCC？NO：58376的树干毕赤酵母基因组DNA；（2）重组载体的构建；（3）阳性克隆的筛选；（4）阳性克隆的酶切鉴定及文库的保存。本发明首次成功构建了树干毕赤酵母大片段DNA基因组文库，文库库容量大（克隆概率97％），覆盖率高（N=1.08），运用该基因组文库成功筛选到了纤维二糖酶相关基因，为未知功能目的基因的筛选、相关基因的功能性研究以及进一步基因水平上的改造以获得理想工业化生产菌株奠定了基础。
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公开(公告)号：CN104699997A
公开(公告)日：2015-06-10
申请号：CN201510131784.6
申请日：2015-03-24
Applicant: 江南大学
IPC: G06F19/12
Abstract: 本发明公开了一种基因组代谢网络模型自动化修正方法，利用了超文本传送协议和Java控件HttpClient相结合、并利用图像处理算法，实现自动提交并分析网站脚本语义，基于KEGG、MetaCyc、MetRxn在线数据库以及多个蛋白区间定位预测网站对基因组规模代谢网络模型进行了自动化断点补齐，同时通过蛋白区间预测结果和权重打分机制确定可信度高的特异性反应，完成代谢网络粗模型的自动化修正过程。利用本发明所述的方法进行基因组代谢网络模型修正的优点是更加省时、方便，且所得修正模型更为全面、准确。
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公开(公告)号：CN104899477B
公开(公告)日：2018-01-26
申请号：CN201510341211.6
申请日：2015-06-18
IPC: G06F19/24
Abstract: 本发明公开了一种使用词袋模型的蛋白质亚细胞区间预测方法，利用滑动窗口方法分割蛋白质序列，获得大量序列单词的集合，运用氨基酸组成获得序列单词特征，对序列单词特征进行聚类分析构建字典，并通过统计计算获得蛋白质序列的词袋特征，最后将词袋特征送入支持向量机多类分类器进行蛋白质亚细胞区间预测。可通过实验证明本发明能有效提高识别精度，尤其在传统方法预测准确率较低的亚细胞类上识别精度明显提高，对准确预测未知蛋白的亚细胞位置具有重要作用。
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公开(公告)号：CN104899477A
公开(公告)日：2015-09-09
申请号：CN201510341211.6
申请日：2015-06-18
IPC: G06F19/24
Abstract: 本发明公开了一种使用词袋模型的蛋白质亚细胞区间预测方法，利用滑动窗口方法分割蛋白质序列，获得大量序列单词的集合，运用氨基酸组成获得序列单词特征，对序列单词特征进行聚类分析构建字典，并通过统计计算获得蛋白质序列的词袋特征，最后将词袋特征送入支持向量机多类分类器进行蛋白质亚细胞区间预测。可通过实验证明本发明能有效提高识别精度，尤其在传统方法预测准确率较低的亚细胞类上识别精度明显提高，对准确预测未知蛋白的亚细胞位置具有重要作用。
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公开(公告)号：CN103088434A
公开(公告)日：2013-05-08
申请号：CN201210484156.2
申请日：2012-11-23
Applicant: 江南大学
Abstract: 本发明提供一种树干毕赤酵母大片段DNA基因组文库的构建方法，包括如下步骤：（1）提取保藏号为ATCC NO：58376的树干毕赤酵母基因组DNA；（2）重组载体的构建；（3）阳性克隆的筛选；（4）阳性克隆的酶切鉴定及文库的保存。本发明首次成功构建了树干毕赤酵母大片段DNA基因组文库，文库库容量大（克隆概率97％），覆盖率高（N=1.08），运用该基因组文库成功筛选到了纤维二糖酶相关基因，为未知功能目的基因的筛选、相关基因的功能性研究以及进一步基因水平上的改造以获得理想工业化生产菌株奠定了基础。
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