公开(公告)号：CN112749833B

公开(公告)日：2022-12-13

申请号：CN202011427488.8

申请日：2020-12-09

Applicant: 暨南大学

Inventor： 王大力 ,  宁清 ,  吴凡 ,  游静

IPC: G06Q10/04 ,  G16B20/50 ,  G06Q10/10

Abstract: 本发明公开了一种基于朴素贝叶斯模型的大肠杆菌利福平抗性突变预测方法，该方法包括以下步骤：收集现有报道中大肠杆菌RNA聚合酶β亚基利福平抗性阳性突变体；搜集现有报道中细菌RNA聚合酶β亚基的突变体，剔除与大肠杆菌阳性突变一致的位点后，作为阴性突变体；预测所得阳性突变体和阴性突变体的蛋白性质参数数据集；利用得到的蛋白性质参数数据集训练朴素贝叶斯模型，利用上述模型对大肠杆菌RpoB中利福平抗性区间内每个位置的氨基酸突变后的突变表型进行预测。本发明构建的模型对大肠杆菌利福平抗性突变表型的预测性能较好，模型评价中ROC曲线下的AUC值为0.77；准确度较高，可达75.4％。

公开(公告)号：CN112749833A

公开(公告)日：2021-05-04

申请号：CN202011427488.8

申请日：2020-12-09

Applicant: 暨南大学

Inventor： 王大力 ,  宁清 ,  吴凡 ,  游静

IPC: G06Q10/04 ,  G16B20/50 ,  G06Q10/10

Abstract: 本发明公开了一种基于朴素贝叶斯模型的大肠杆菌利福平抗性突变预测方法，该方法包括以下步骤：收集现有报道中大肠杆菌RNA聚合酶β亚基利福平抗性阳性突变体；搜集现有报道中细菌RNA聚合酶β亚基的突变体，剔除与大肠杆菌阳性突变一致的位点后，作为阴性突变体；预测所得阳性突变体和阴性突变体的蛋白性质参数数据集；利用得到的蛋白性质参数数据集训练朴素贝叶斯模型，利用上述模型对大肠杆菌RpoB中利福平抗性区间内每个位置的氨基酸突变后的突变表型进行预测。本发明构建的模型对大肠杆菌利福平抗性突变表型的预测性能较好，模型评价中ROC曲线下的AUC值为0.77；准确度较高，可达75.4％。