公开(公告)号：CN109360606A

公开(公告)日：2019-02-19

申请号：CN201811373098.X

申请日：2018-11-19

Applicant: 广西壮族自治区农业科学院水稻研究所

Inventor： 杨行海 ,  夏秀忠 ,  曾宇 ,  张宗琼 ,  农保选 ,  吴艳艳 ,  熊发前 ,  李丹婷 ,  邓国富 ,  荘洁

IPC: G16B25/00 ,  G16B20/00 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明涉及基因组测序技术领域，特别涉及一种低密度SNP基因组区域准确预测BSA-seq候选基因的方法，本发明针对BSA-seq在候选区间附近有低密度SNP区域，通过比价两亲本间的SNP，对SNP列表进行严格过滤，找出低密度区域，然后利用置信区间为95％时对应的候选区间加上低密度候选区间，利用基因组注释网站对候选区域内的基因进行注释；对候选区域变异位点功能注释，得到存在移码变异等功能性变异的基因，并确定该基因为候选基因；使用本发明的方法能弥补由于基因组差异小的区域而造成的候选区域的假阳性，获得真正的候选区间。

公开(公告)号：CN109360606B

公开(公告)日：2019-09-06

申请号：CN201811373098.X

申请日：2018-11-19

Applicant: 广西壮族自治区农业科学院水稻研究所

Inventor： 杨行海 ,  夏秀忠 ,  曾宇 ,  张宗琼 ,  农保选 ,  吴艳艳 ,  熊发前 ,  李丹婷 ,  邓国富 ,  荘洁

IPC: G16B25/00 ,  G16B20/00 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明涉及基因组测序技术领域，特别涉及一种低密度SNP基因组区域准确预测BSA‑seq候选基因的方法，本发明针对BSA‑seq在候选区间附近有低密度SNP区域，通过比价两亲本间的SNP，对SNP列表进行严格过滤，找出低密度区域，然后利用置信区间为95％时对应的候选区间加上低密度候选区间，利用基因组注释网站对候选区域内的基因进行注释；对候选区域变异位点功能注释，得到存在移码变异等功能性变异的基因，并确定该基因为候选基因；使用本发明的方法能弥补由于基因组差异小的区域而造成的候选区域的假阳性，获得真正的候选区间。