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公开(公告)号：CN109584955B
公开(公告)日：2022-09-23
申请号：CN201811429273.2
申请日：2018-11-27
Applicant: 大连海事大学
Abstract: 本发明公开了一种基于多种植物基因组识别人类辐射响应生物标志物的方法，包括检索辐射响应的基因本体论(GO)语义关系，获取多种植物中的注释基因及在拟南芥中直系同源基因；计算多种植物每一GO语义在拟南芥中直系同源基因的并集与辐射品质特异性基因集合；经蛋白互作网络分析，获取蛋白连接度大于设置阈值的基因集合；统计基因在多种植物中出现次数，获取基因多样性指数大于设置阈值的基因集合；最后，经基因同源性分析，获取这些基因在人类中的直系同源基因集合，导出人类辐射响应生物标志物。本发明解决了利用植物的基因组筛选新的人类辐射响应生物标志物的问题。在辐射剂量估算、辐射损伤诊断、以及辐射健康风险预警等方面有应用前景。
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公开(公告)号：CN107479087A
公开(公告)日：2017-12-15
申请号：CN201710660869.2
申请日：2017-08-04
Applicant: 大连海事大学
CPC classification number: G01T5/02 , G01N23/00 , G01N2223/612
Abstract: 本发明公开了一种用于生物叠中辐射粒子分析生物样品击中情况的方法及系统，方法至少包括：获取待分析的生物叠中生物样品的坐标数据和击中生物样品的辐射粒子探测数据；获取待分析的生物叠中生物样品的直径r，生物叠衬底材料的厚度d以及生物叠中辐射粒子的入射平面；计算生物叠中生物样品中各辐射粒子的运动轨迹、生物样品中心到辐射粒子运动轨迹的距离L及该辐射粒子与两个平面的交点坐标；依据L判断辐射粒子击中该生物样品的情况，并计算出被辐射粒子击中生物样品的坐标；对生物叠中辐射粒子击中生物样品情况进行显示统计。本发明为空间飞行生物叠中生物样品的研究提供了数据处理、样品筛选和数据可视化等有效的手段和辅助技术。
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公开(公告)号：CN113506593A
公开(公告)日：2021-10-15
申请号：CN202110762918.X
申请日：2021-07-06
Applicant: 大连海事大学
IPC: G16B20/20
Abstract: 本发明公开了一种面向大规模基因调控网络的智能推断方法，其包括在基因表达数据点分布的两维空间中，使用网格划分数据空间，使落在格子中的数据点的频率作为联合概率分布函数的估计，并确定基因x和基因y表达值之间的互信息；在不同大小的网格中计算互信息获得最大互信息系数，并得到靶基因的关键调控基因集；利用关键调控基因重要性融合算法计算调控基因对靶基因的重要性，得到重要性矩阵；在重要性矩阵中保留控制强度超过设定阈值的调控关系，控制强度超过设定阈值的调控关系构成基因调控网络。本方法针对大规模基因调控网络中关键调控基因的稀疏性，排除冗余基因表达信息，有效提高了计算效率，可以提高推断调控关系的准确度。
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公开(公告)号：CN110349633B
公开(公告)日：2021-03-16
申请号：CN201910631911.7
申请日：2019-07-12
Applicant: 大连海事大学
Abstract: 本发明公开了一种基于辐射响应生物学通路筛选辐射生物标志物及预测辐射剂量的方法，属于生物信息技术领域。给定辐射响应生物学通路并检索基因本体论语义，获取在特定物种中的注释基因集合，联合辐射暴露同一物种后的表达谱数据，提取表达谱数据；经过单因素方差分析和蛋白互作网络分析，获取差异表达特征及矩阵；利用生物统计学方法或机器学习算法，建立多元回归模型，通过对模型预测性能的比较分析，确定显著的表达特征集合和最优的统计模型类型，即为基于辐射响应生物学通路筛选到的辐射生物标志物及预测辐射剂量的方法。本发明的方法具有很好的预测效果，可为应急条件下核辐射生物剂量监测、核辐射损伤诊断、以及风险预警提供新的技术方法。
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公开(公告)号：CN110349633A
公开(公告)日：2019-10-18
申请号：CN201910631911.7
申请日：2019-07-12
Applicant: 大连海事大学
Abstract: 本发明公开了一种基于辐射响应生物学通路筛选辐射生物标志物及预测辐射剂量的方法，属于生物信息技术领域。给定辐射响应生物学通路并检索基因本体论语义，获取在特定物种中的注释基因集合，联合辐射暴露同一物种后的表达谱数据，提取表达谱数据；经过单因素方差分析和蛋白互作网络分析，获取差异表达特征及矩阵；利用生物统计学方法或机器学习算法，建立多元回归模型，通过对模型预测性能的比较分析，确定显著的表达特征集合和最优的统计模型类型，即为基于辐射响应生物学通路筛选到的辐射生物标志物及预测辐射剂量的方法。本发明的方法具有很好的预测效果，可为应急条件下核辐射生物剂量监测、核辐射损伤诊断、以及风险预警提供新的技术方法。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN107479087B
公开(公告)日：2019-06-11
申请号：CN201710660869.2
申请日：2017-08-04
Applicant: 大连海事大学
Abstract: 本发明公开了一种用于生物叠中辐射粒子分析生物样品击中情况的方法及系统，方法至少包括：获取待分析的生物叠中生物样品的坐标数据和击中生物样品的辐射粒子探测数据；获取待分析的生物叠中生物样品的直径r，生物叠衬底材料的厚度d以及生物叠中辐射粒子的入射平面；计算生物叠中生物样品中各辐射粒子的运动轨迹、生物样品中心到辐射粒子运动轨迹的距离L及该辐射粒子与两个平面的交点坐标；依据L判断辐射粒子击中该生物样品的情况，并计算出被辐射粒子击中生物样品的坐标；对生物叠中辐射粒子击中生物样品情况进行显示统计。本发明为空间飞行生物叠中生物样品的研究提供了数据处理、样品筛选和数据可视化等有效的手段和辅助技术。
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公开(公告)号：CN109584955A
公开(公告)日：2019-04-05
申请号：CN201811429273.2
申请日：2018-11-27
Applicant: 大连海事大学
Abstract: 本发明公开了一种基于多种植物基因组识别人类辐射响应生物标志物的方法，包括检索辐射响应的基因本体论(GO)语义关系，获取多种植物中的注释基因及在拟南芥中直系同源基因；计算多种植物每一GO语义在拟南芥中直系同源基因的并集与辐射品质特异性基因集合；经蛋白互作网络分析，获取蛋白连接度大于设置阈值的基因集合；统计基因在多种植物中出现次数，获取基因多样性指数大于设置阈值的基因集合；最后，经基因同源性分析，获取这些基因在人类中的直系同源基因集合，导出人类辐射响应生物标志物。本发明解决了利用植物的基因组筛选新的人类辐射响应生物标志物的问题。在辐射剂量估算、辐射损伤诊断、以及辐射健康风险预警等方面有应用前景。
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公开(公告)号：CN113506593B
公开(公告)日：2024-04-12
申请号：CN202110762918.X
申请日：2021-07-06
Applicant: 大连海事大学
IPC: G16B20/20
Abstract: 本发明公开了一种面向大规模基因调控网络的智能推断方法，其包括在基因表达数据点分布的两维空间中，使用网格划分数据空间，使落在格子中的数据点的频率作为联合概率分布函数的估计，并确定基因x和基因y表达值之间的互信息；在不同大小的网格中计算互信息获得最大互信息系数，并得到靶基因的关键调控基因集；利用关键调控基因重要性融合算法计算调控基因对靶基因的重要性，得到重要性矩阵；在重要性矩阵中保留控制强度超过设定阈值的调控关系，控制强度超过设定阈值的调控关系构成基因调控网络。本方法针对大规模基因调控网络中关键调控基因的稀疏性，排除冗余基因表达信息，有效提高了计算效率，可以提高推断调控关系的准确度。
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公开(公告)号：CN109584968B
公开(公告)日：2022-09-23
申请号：CN201811428144.1
申请日：2018-11-27
Applicant: 大连海事大学
Abstract: 本发明公开了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，通过使用生物信息学方法在基因本体论搜索工具，筛选特定生物学过程的语义关系；在不同物种的基因组注释数据库中，筛选被注释到上述语义的不同物种中的基因集合信息；对特定物种的基因集合信息进行同源性分析，筛选其在待研究物种中的直系同源基因；将上述基因与待研究物种中参与该生物学过程的参考基因进行比较分析，筛选特定物种中参与生物学过程调控新基因。本发明基于特定生物学过程在不同的物种之间具有高度保守性的特征，建立了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，为进一步重构系统的基因调控网络提供支撑作用，这对于疾病早期诊断、个性化治疗、药物研发具有重要意义。
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公开(公告)号：CN109584968A
公开(公告)日：2019-04-05
申请号：CN201811428144.1
申请日：2018-11-27
Applicant: 大连海事大学
Abstract: 本发明公开了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，通过使用生物信息学方法在基因本体论搜索工具，筛选特定生物学过程的语义关系；在不同物种的基因组注释数据库中，筛选被注释到上述语义的不同物种中的基因集合信息；对特定物种的基因集合信息进行同源性分析，筛选其在待研究物种中的直系同源基因；将上述基因与待研究物种中参与该生物学过程的参考基因进行比较分析，筛选特定物种中参与生物学过程调控新基因。本发明基于特定生物学过程在不同的物种之间具有高度保守性的特征，建立了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，为进一步重构系统的基因调控网络提供支撑作用，这对于疾病早期诊断、个性化治疗、药物研发具有重要意义。
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