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公开(公告)号：CN109507429A
公开(公告)日：2019-03-22
申请号：CN201810153346.3
申请日：2018-02-14
Applicant: 复旦大学
IPC: G01N33/68
Abstract: 本发明属生物技术领域，涉及一种基于CRISPR/cas9和过氧化物酶APEX2系统识别分析特异性位点相互作用蛋白的方法，包括步骤，质粒的转化；特异性位点结合蛋白复合物的生物素标记；利用链霉素磁珠富集生物素标记蛋白复合物和富集蛋白的检测及分析。经实验分析结果显示，该方法适用于任何给定染色体位置的蛋白质的研究分析；同时，该方法将CRISPR基因编辑系统与APEX2结合进行特异位点蛋白分析的思路同样适用于其他的基因组编辑方法(如TALEN)与APEX2的结合。本方法操作简单、灵敏度高、特异性高、重现性好、适应于在任何给定的染色体位置上研究染色质局部相互作用蛋白的要求。
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公开(公告)号：CN110777192B
公开(公告)日：2022-08-19
申请号：CN201911027231.0
申请日：2019-10-27
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明属于生物化学与分子生物学技术领域，具体为一种分离和富集以及从头组装人类主要组织相容性复合体基因的方法。本发明方法是基于CRISPR/cas9和脉冲场凝胶电泳（PFGE）系统，对MHC区域大片段DNA进行分离，对目标区域进行有效富集，利用10X Genomics平台进行长片段DNA测序，通过基因的从头组装获得N50 scaffold>0.9 Mb的MHC单体型，并且覆盖度达到整个4.6M MHC区域的90%以上；相较于传统二代测序组装技术，本发明方法具有明显的优越性。
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公开(公告)号：CN110777192A
公开(公告)日：2020-02-11
申请号：CN201911027231.0
申请日：2019-10-27
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明属于生物化学与分子生物学技术领域，具体为一种分离和富集以及从头组装人类主要组织相容性复合体基因的方法。本发明方法是基于CRISPR/cas9和脉冲场凝胶电泳（PFGE）系统，对MHC区域大片段DNA进行分离，对目标区域进行有效富集，利用10X Genomics平台进行长片段DNA测序，通过基因的从头组装获得N50 scaffold >0.9 Mb的MHC单体型，并且覆盖度达到整个4.6M MHC区域的90%以上；相较于传统二代测序组装技术，本发明方法具有明显的优越性。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN118050526A
公开(公告)日：2024-05-17
申请号：CN202410192164.2
申请日：2024-02-21
Applicant: 复旦大学附属中山医院
IPC: G01N33/68 , G01N33/574 , G01N30/02 , G01N30/72
Abstract: 本发明公开了一种胆囊恶性肿瘤蛋白诊断生物标志物及其应用。本发明的蛋白标志物包括CA2和/或CES1。本发明采用LC‑MS/MS质谱分析方法，对大量临床血浆样本进行质谱分析后，通过计算胆囊癌患者血浆与正常人血浆中相应蛋白分子含量的log2差异倍数(Log2FC值＞2或＜‑2)确定了两个蛋白分子(CA2蛋白，CES1蛋白)具有良好的检验效益；其可作为诊断胆囊癌早期诊断的标志物；因此，本发明提供了一种基于血浆的无创筛查手段，用于预测胆囊恶性肿瘤、区分胆囊癌人群与非癌人群。并且取材方便、血液用样量少、灵敏度高。本发明能够填补胆囊恶性肿瘤目前尚无高诊断效能蛋白质标志物组合的空白，具有重大的临床意义。
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公开(公告)号：CN110684836A
公开(公告)日：2020-01-14
申请号：CN201911040573.6
申请日：2019-10-29
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6883 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于生物医学技术领域，具体为基于游离DNA甲基化或羟甲基化差异的主动脉夹层检测方法及系统。本发明方法包括：（一）游离DNA甲基化或羟甲基化差异检测，包括：整体甲基化或羟甲基化水平有统计学差异；特定位点或区域甲基化或羟甲基化水平有统计学差异；在基因组中的分布规律差异；（二）根据DNA甲基化或羟甲基化差异判别主动脉夹层是否发生。本发明系统包括游离DNA甲基化或羟甲基化差异检测模块和主动脉夹层发生判别模块。本发明取材方便，处理简单，避免繁复的手术取材；以DNA甲基化或DNA羟甲基化作为检测标准，这种化学修饰具有稳定的组织特异性，能明确反映组织来源和状态，检测结果稳定可靠。
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公开(公告)号：CN109504711A
公开(公告)日：2019-03-22
申请号：CN201810148785.5
申请日：2018-02-14
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属生物技术领域，涉及一种基于CRISPR/cas9和过氧化物酶APEX2系统识别分析特异性基因组位点相互作用DNA的方法，包括步骤，质粒的转化，特异性位点结合蛋白复合物的生物素标记，利用链霉素磁珠富集生物素标记蛋白和DNA复合物和富集DNA的测序及分析；经实验分析结果显示，该方法适用于任意基因组位点的分析，可获得与之互作的基因组位点信息，同时，该方法将CRISPR基因编辑系统与APEX2结合进行特异位点DNA分析的思路同样适用于其他的基因组编辑方法(如TALEN)与APEX2的结合。本方法操作简单、灵敏度高、特异性高、重现性好、适应于在任何给定的染色体位置上研究染色质局部相互作用DNA的要求。
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公开(公告)号：CN109957579A
公开(公告)日：2019-07-02
申请号：CN201811461038.3
申请日：2018-12-01
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/85 , C12N15/90 , C12Q1/6806
Abstract: 本发明属于生物技术领域，涉及一种识别特异性位点相互作用RNA的方法。该方法基于CRISPR/cas9和过氧化物酶APEX2系统，其步骤包括：质粒的转化；所述的质粒包括分别表达dcas9蛋白、sgRNA特异性序列或者过氧化物酶APEX2的质粒；使用APEX2进行蛋白的生物素标记；利用链霉素磁珠富集生物素标记蛋白、DNA或者RNA复合物；RNA的提取与纯化；富集RNA的反转录及分析。本方法操作简单、特异性高、重现性好、适应于研究任何给定的染色体位置上的相互作用RNA。
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公开(公告)号：CN107881230A
公开(公告)日：2018-04-06
申请号：CN201610876947.8
申请日：2016-09-30
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6886 , C12Q1/686 , C12Q1/6869
CPC classification number: C12Q1/6886 , C12Q1/686 , C12Q1/6869 , C12Q2600/118 , C12Q2600/156 , C12Q2563/159
Abstract: 本发明涉及生物技术领域及核酸检测领域，涉及检测肺癌血浆游离目标DNA多位点低频突变的方法及其试剂盒。本发明提供了高灵敏度和高通量的用于一次性检测肺癌血浆游离DNA多位点突变的方法及试剂盒。该检测方法结合ddPCR及二代测序技术对肺癌ctDNA突变进行检测，包括步骤：1)数字PCR混合液制备，包括待测样品DNA模板、引物及PCR预混液；2)制作数字PCR微反应液滴，进行PCR扩增反应；3)PCR产物的回收与纯化；4)二轮PCR混合液制备及扩增；5)PCR产物纯化及文库质控，6.上机测序及数据分析；可一次性检测肺癌EGFR/BRAF/KRAS/PIK3A/MET2/ERBB2/AKT1/NRAS/TP53/PTEN共10个基因的热点突变信息，能显著节约样本，实现高灵敏、高通量的检测肺癌ctDNA突变信息。
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