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公开(公告)号：CN116640749A
公开(公告)日：2023-08-25
申请号：CN202210140362.5
申请日：2022-02-16
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于基因编辑技术领域，涉及胞苷脱氨酶突变体及基于胞苷脱氨酶突变体构建的碱基编辑器。本发明通过在胞苷脱氨酶LjCDA1中引入不同突变，开发了新的胞苷脱氨酶突变体，通过将胞苷脱氨酶突变体融合于SpCas9为代表的突变型核酸酶的不同位点，得到的新融合蛋白，即碱基编辑器CBE，能对位于前间隔序列不同位置的胞嘧啶实现有效的C‑T碱基突变。本发明所获得的CBE变体具有多样化C‑T编辑碱基偏好性和活性窗口，相关的CBE变体其Cas非依赖的DNA脱靶效应和RNA脱靶效应均处于低水平甚至被清除。本发明可实现更广范围、更精细且安全性更高的C‑T单碱基替换，能有效拓宽单碱基编辑工具的应用，具有很高的应用价值。
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公开(公告)号：CN114045277A
公开(公告)日：2022-02-15
申请号：CN202111226226.X
申请日：2021-10-21
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明涉及基因编辑技术领域，尤其是涉及一种碱基编辑器及其构建方法与应用，用于DNA水平特定位点特定碱基的突变。本发明构建得到编辑特异性更高且RNA/DNA脱靶风险低的ABE，编辑精度高且RNA/DNA脱靶风险低的CBE以及体积更小的ACBE工具。本发明中开发的ABE工具在介导A·T‑‑G·C突变时有更高的特异性，其介导C·G‑‑T·A突变的能力被明显抑制，甚至清除，且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除；本发明开发的CBE工具在介导C·G‑‑T·A突变时有更高的精确度，且RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除；本发明中开发的ACBE工具，只需要单一的脱氨酶，其体积更小，且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除，具有更高的应用价值。
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公开(公告)号：CN116355885A
公开(公告)日：2023-06-30
申请号：CN202111623313.9
申请日：2021-12-28
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N9/78 , C12N9/22 , C12N15/55 , C12N15/62 , C12N15/113
Abstract: 本发明属于基因编辑技术领域，涉及脱氨酶突变体及基于脱氨酶突变体构建的碱基编辑器。本发明开发了新的胞苷脱氨酶突变体，通过将胞苷脱氨酶突变体融合于SpCas9为代表的突变型核酸酶的不同位点，得到的新融合蛋白能对位于前间隔序列不同位置的胞嘧啶实现有效的C‑T碱基突变。通过所述方法获得的融合蛋白，其Cas非依赖的DNA脱靶效应接近本底水平，且具有多样化的编辑活性窗口。本发明的碱基编辑器具有非常低水平的DNA/RNA脱靶效应，且活性窗口多样化，可实现更广范围、更精细且安全性更高的C‑T单碱基替换，能有效拓宽单碱基编辑工具的应用，具有很高的应用价值。
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公开(公告)号：CN116355100A
公开(公告)日：2023-06-30
申请号：CN202111622218.7
申请日：2021-12-28
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明涉及基因编辑技术领域，涉及一种碱基编辑器及其构建方法与应用。本发明通过将胞苷脱氨酶及其突变体融合于Cas12f1为代表的突变型核酸酶的不同位点，得到的新融合蛋白能对位于前间隔序列不同位置的胞嘧啶实现有效的C‑T碱基突变，通过将脱氧腺苷脱氨酶及变体融合于Cas12f1为代表的突变型核酸酶的不同位点，得到的新融合蛋白能对位于前间隔序列不同位置的腺嘌呤和/或胞嘧啶实现有效的A‑G和/或C‑T碱基突变。通过本发明的方法获得的不同的插入位点为基础的融合蛋白，其可突变范围各有差异。本发明的碱基编辑器体积更小，且活性窗口多样化，可实现更广范围、更精细且安全性更高的C‑T单碱基替换和A‑G单碱基替换，能有效拓宽单碱基编辑工具的应用。
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公开(公告)号：CN114045277B
公开(公告)日：2024-11-05
申请号：CN202111226226.X
申请日：2021-10-21
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明涉及基因编辑技术领域，尤其是涉及一种碱基编辑器及其构建方法与应用，用于DNA水平特定位点特定碱基的突变。本发明构建得到编辑特异性更高且RNA/DNA脱靶风险低的ABE，编辑精度高且RNA/DNA脱靶风险低的CBE以及体积更小的ACBE工具。本发明中开发的ABE工具在介导A·T‑‑G·C突变时有更高的特异性，其介导C·G‑‑T·A突变的能力被明显抑制，甚至清除，且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除；本发明开发的CBE工具在介导C·G‑‑T·A突变时有更高的精确度，且RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除；本发明中开发的ACBE工具，只需要单一的脱氨酶，其体积更小，且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除，具有更高的应用价值。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN118086340A
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202211489720.X
申请日：2022-11-25
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明涉及基因编辑技术领域，涉及一种微型碱基编辑器及其构建方法与应用。本发明通过对核酸酶OgeIscB的向导RNA(gRNA)的改造，降低了gRNA的长度并提升了OgeIscB的基因编辑活性。本发明通过将胞苷脱氨酶及其突变体融合于OgeIscB为代表的突变型核酸酶末端，得到的新融合蛋白能对位于前间隔序列不同位置的胞嘧啶实现有效的C‑T碱基突变，通过将脱氧腺苷脱氨酶及变体融合于OgeIscB为代表的突变型核酸酶末端，得到的新融合蛋白能对位于前间隔序列不同位置的腺嘌呤和/或胞嘧啶实现有效的A‑G和/或C‑T碱基突变。本发明的碱基编辑器体积更小，且活性窗口多样化，可实现更广范围、更精细且安全性更高的C‑T单碱基替换和A‑G单碱基替换，能有效拓宽单碱基编辑工具的应用。
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公开(公告)号：CN119286831A
公开(公告)日：2025-01-10
申请号：CN202411503363.7
申请日：2021-10-21
Applicant: 复旦大学
Inventor： 程田林
Abstract: 本发明涉及基因编辑技术领域，尤其是涉及一种碱基编辑器及其构建方法与应用，用于DNA水平特定位点特定碱基的突变。本发明构建得到编辑特异性更高且RNA/DNA脱靶风险低的ABE，编辑精度高且RNA/DNA脱靶风险低的CBE以及体积更小的ACBE工具。本发明中开发的ABE工具在介导A·T‑‑G·C突变时有更高的特异性，其介导C·G‑‑T·A突变的能力被明显抑制，甚至清除，且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除；本发明开发的CBE工具在介导C·G‑‑T·A突变时有更高的精确度，且RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除；本发明中开发的ACBE工具，只需要单一的脱氨酶，其体积更小，且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除，具有更高的应用价值。
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公开(公告)号：CN115927271A
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN202211204191.4
申请日：2022-09-29
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明涉及基因编辑技术领域，涉及一种碱基编辑器及其构建方法与应用。本发明通过将脱氧腺苷脱氨酶及变体融合于Cas12f1为代表的突变型核酸酶的不同位点，得到的新融合蛋白能对位于前间隔序列不同位置的腺嘌呤实现有效且高精度的A‑G碱基突变。通过本发明的方法获得的不同的插入位点为基础的融合蛋白，其可突变范围各有差异。本发明的碱基编辑器体积更小，且活性窗口多样化，可实现更广范围、更精细且安全性更高的A‑G单碱基替换，能有效拓宽单碱基编辑工具的应用。
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公开(公告)号：CN119432822A
公开(公告)日：2025-02-14
申请号：CN202411503362.2
申请日：2021-10-21
Applicant: 复旦大学
Inventor： 程田林
Abstract: 本发明涉及基因编辑技术领域，尤其是涉及一种碱基编辑器及其构建方法与应用，用于DNA水平特定位点特定碱基的突变。本发明构建得到编辑特异性更高且RNA/DNA脱靶风险低的ABE，编辑精度高且RNA/DNA脱靶风险低的CBE以及体积更小的ACBE工具。本发明中开发的ABE工具在介导A·T‑‑G·C突变时有更高的特异性，其介导C·G‑‑T·A突变的能力被明显抑制，甚至清除，且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除；本发明开发的CBE工具在介导C·G‑‑T·A突变时有更高的精确度，且RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除；本发明中开发的ACBE工具，只需要单一的脱氨酶，其体积更小，且在RNA和DNA水平的脱靶效应有明显降低，甚至消除，具有更高的应用价值。
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公开(公告)号：CN117487786A
公开(公告)日：2024-02-02
申请号：CN202210923094.4
申请日：2022-08-02
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明涉及一种安全性高的碱基编辑器及其构建方法与应用。碱基编辑器为将胞苷脱氨酶突变体融合于突变型核酸酶的不同位点，得到的新融合蛋白。其中，胞苷脱氨酶突变体为将YE1的第173位氨基酸由亮氨酸突变为谷氨酰胺所得的新的蛋白质，YE1是指将APOBEC1的第90位氨基酸由色氨酸突变为酪氨酸，同时，将APOBEC1的第126位氨基酸由精氨酸突变为谷氨酸以后所得的突变体，APOBEC1序列如SEQ.ID NO.1所示。本发明开发筛选出了一种新的胞苷脱氨酶突变体，以此为基础构建的CBE工具，其安全性有明显提升，对基因表达、RNA剪接、DNA损伤及线粒体功能的影响有明显降低。该方法实现了单碱基编辑工具安全性的系统优化。
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