一种单细胞基因组测序文库的构建方法及试剂盒

    公开(公告)号:CN118048697A

    公开(公告)日:2024-05-17

    申请号:CN202410076321.3

    申请日:2024-01-18

    Abstract: 本申请提供了一种单细胞基因组测序文库的构建方法及试剂盒。该方法包括步骤S1制备单细胞样本的基因组DNA;步骤S2将基因组DNA置于片段化反应体系中,获得具有细胞标签和文库扩增接头序列的片段化DNA,基因组DNA片段化反应体系中包括含有细胞标签和文库扩增接头序列的Tn5转座酶;步骤S3将不同单细胞来源的片段化后的基因组DNA混合;步骤S4将混合后的DNA使用测序文库接头引物同步完成DNA量的扩增和测序文库的构建。本申请通过使用Tn5转座酶,使极微量的单细胞基因组DNA在随机被切断的同时末端被引入文库扩增接头序列,以细胞标签区分不同单细胞,以测序文库接头作为引物扩增片段化后的DNA片段,同步实现多个单细胞基因组的扩增和文库的构建。

    用于腺癌小细胞混合型肺癌检测的基因标志物及其应用

    公开(公告)号:CN119710007A

    公开(公告)日:2025-03-28

    申请号:CN202411993583.2

    申请日:2024-12-31

    Inventor: 施奇惠 王卓

    Abstract: 本申请涉及肿瘤分型技术领域,公开了一种用于在小细胞肺癌患者中进行腺癌小细胞混合型肺癌亚群分型的基因型标志物及其应用。该基因标志物包括EGFR,KRAS,BRAF,PIK3CA,利用该基因标志物中腺癌小细胞混合型肺癌亚群分型相关基因的点突变位点,可以区分小细胞肺癌患者是否为腺癌小细胞混合型肺癌,从而为腺癌小细胞混合型肺癌精准治疗提供重要的判断依据。该标志物还可对小细胞肺癌患者的活检肿瘤组织或体液中游离肿瘤细胞或肿瘤DNA进行基因检测,从而快速进行小细胞肺癌分型,弥补目前临床病理分型的缺陷,具有良好的应用前景。

    一种细胞固定剂、细胞固定方法和应用

    公开(公告)号:CN113063646B

    公开(公告)日:2022-06-21

    申请号:CN202110331046.1

    申请日:2021-03-27

    Applicant: 复旦大学

    Abstract: 本申请涉及细胞生物学领域,具体公开了一种细胞固定剂、细胞固定方法和应用。本申请的细胞固定剂有效成分特异性针对蛋白上的特定有机基团通过形成共价键进行交联,其具有化学活性的两端中间含有一个间隔臂,间隔臂的长度不小于0.5纳米,间隔臂可被选择性的切断,本申请的细胞固定剂可用于固定细胞,其具有兼顾保护蛋白抗原且稳定细胞内核酸优点。本申请的细胞固定方法包括(1)将所述细胞固定剂采用PBS缓冲液稀释;(2)将细胞样本加入稀释后的细胞固定剂中孵育。本申请的细胞固定剂应用于免疫荧光技术中。

    一种有序介孔氧化硅单片材料的制备方法

    公开(公告)号:CN1274593C

    公开(公告)日:2006-09-13

    申请号:CN200310108844.X

    申请日:2003-11-25

    Applicant: 复旦大学

    Abstract: 本发明涉及一种快速制备大尺寸、无裂缝的有序介孔氧化硅单片材料的方法。它改进了传统的溶胶-凝胶法,引入惰性介质液体作为形貌保护剂,并在较高温度下实现溶剂挥发,在较短的时间内得到大尺寸、完整、透明、无裂缝的有序介孔氧化硅单片材料。该材料具有高度有序的六方或立方介观结构,孔径为3-15nm,孔容0.4-1.2cm3/g,比表面积400-700m2/g,对可见光的透过率与相同厚度的光学玻璃相当。该方法合成周期短,步骤简单,且易于控制。该方法使介孔单片材料在催化、分离以及用作光学材料等方面的实际应用成为可能。

    一种有序介孔氧化硅单片材料的制备方法

    公开(公告)号:CN1544323A

    公开(公告)日:2004-11-10

    申请号:CN200310108844.X

    申请日:2003-11-25

    Applicant: 复旦大学

    Abstract: 本发明涉及一种快速制备大尺寸、无裂缝的有序介孔氧化硅单片材料的方法。它改进了传统的溶胶-凝胶法,引入惰性介质液体作为形貌保护剂,并在较高温度下实现溶剂挥发,在较短的时间内得到大尺寸、完整、透明、无裂缝的有序介孔氧化硅单片材料。该材料具有高度有序的六方或立方介观结构,孔径为3-15nm,孔容0.4-1.2cm3/g,比表面积400-700m2/g,对可见光的透过率与相同厚度的光学玻璃相当。该方法合成周期短,步骤简单,且易于控制。该方法使介孔单片材料在催化、分离以及用作光学材料等方面的实际应用成为可能。

    一种基于微流控技术的高通量空间转录组测序方法

    公开(公告)号:CN119120669A

    公开(公告)日:2024-12-13

    申请号:CN202411347054.5

    申请日:2024-09-26

    Applicant: 复旦大学

    Abstract: 本发明涉及空间转录组测序技术领域,具体公开了一种基于微流控技术的高通量空间转录组测序方法,步骤:S1、制备微流控芯片;S2、正电基片上贴芯片一并通入B0,孵育后通入48种barcode‑A;S3、将芯片二替换至正电基片上,通入48种barcode‑B及T4DNA连接酶连接体系后孵育;S4、将芯片三替换至正电基片上,将含有15种barcode‑C序列的T4DNA连接酶连接体系加至微孔中孵育;S5、将组织切片贴到负载了空间编码阵列的基片上;S6、在基片上合成cDNA;S7、从基片上释放并回收RNA/DNA杂交链产物;S8、合成cDNA双链并扩增cDNA双链产物;S9、文库构建并测序;S10、进行数据分析。简化了微流控芯片进行组织样本检测的流程,避免在贴、揭PDMS芯片时造成组织脱落及RNA扩散,并保证空间转录组测序的质量。

    基于单细胞基因组拷贝数变异谱在制造细胞良恶性诊断试剂或检测试剂中的应用

    公开(公告)号:CN117497044A

    公开(公告)日:2024-02-02

    申请号:CN202210231872.3

    申请日:2022-03-09

    Applicant: 复旦大学

    Inventor: 施奇惠 王卓

    Abstract: 本申请涉及生物与医学检测领域,具体公开了一种基于单细胞基因组拷贝数变异谱在制造细胞良恶性诊断试剂或检测试剂中的应用,经单细胞基因组测序获得拷贝数变异特征的细胞,同时满足如下条件鉴定为恶性细胞:需鉴定的单细胞其单细胞基因组拷贝数变异负荷高于正常细胞所具有的拷贝数变异负荷的特定阈值,即为“非正常细胞”;至少两个“非正常细胞”具有一致的拷贝数变异谱,即其单细胞间的单细胞基因组拷贝数变异谱相关性评分最高值高于特定阈值。本申请提供的分析方法能够在不依赖于肿瘤组织的情况下通过单细胞基因组拷贝数变异谱鉴定细胞的恶性,从而实现复杂样本中的恶性细胞的确切检测。

    一种细胞固定剂、细胞固定方法和应用

    公开(公告)号:CN113063646A

    公开(公告)日:2021-07-02

    申请号:CN202110331046.1

    申请日:2021-03-27

    Applicant: 复旦大学

    Abstract: 本申请涉及细胞生物学领域,具体公开了一种细胞固定剂、细胞固定方法和应用。本申请的细胞固定剂有效成分特异性针对蛋白上的特定有机基团通过形成共价键进行交联,其具有化学活性的两端中间含有一个间隔臂,间隔臂的长度不小于0.5纳米,间隔臂可被选择性的切断,本申请的细胞固定剂可用于固定细胞,其具有兼顾保护蛋白抗原且稳定细胞内核酸优点。本申请的细胞固定方法包括(1)将所述细胞固定剂采用PBS缓冲液稀释;(2)将细胞样本加入稀释后的细胞固定剂中孵育。本申请的细胞固定剂应用于免疫荧光技术中。

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