公开(公告)号：CN105463089A

公开(公告)日：2016-04-06

申请号：CN201510966989.6

申请日：2015-12-21

Applicant: 同济大学

Inventor： 刘桂芬 ,  张勇 ,  王璐莹 ,  霍霄 ,  赵程辰 ,  王文

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/10

CPC classification number: C12Q1/6888 ,  C12N15/1003 ,  C12N2330/31 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明涉及一种应用于斑马鱼胚胎的易接近转座酶核染色质高通量测序实验(ATAC-seq)的方法，首先进行斑马鱼胚胎样本前处理，然后在胚胎中加入裂解缓冲液，用广口枪头在冰浴中裂解胚胎，立即进行转座反应并纯化DNA，然后通过实时荧光定量的方法确定建库用的循环数，直接通过一步PCR的方法进行建库测序。ATAC-seq和DNase-seq两种方法都能够对基因组染色质上调控序列进行定位和解读，但ATAC-seq步骤更为简单，需要的细胞也更少，在无法获得大量细胞的情况下，ATAC-seq更有帮助，且根据实验结果ATAC-seq获得的数据富集程度更高。本发明还将其应用到斑马鱼胚胎细胞中，对于研究生物体早期发育过程中的染色质结构的变化及相应的基因表达调控研究提供一种有效且简单的方法。