公开(公告)号：CN107577922B

公开(公告)日：2020-07-03

申请号：CN201710848923.6

申请日：2017-09-20

Applicant: 吉林大学

Inventor： 张浩 ,  刘元宁 ,  占萌苹 ,  李誌

IPC: G16B30/00

Abstract: 本发明公开了一种基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法，包括如下步骤：步骤一、将玉米全长cDNA序列输入CPLD；步骤二、筛选长度大于200的cDNA序列，对cDNA进行开放阅读框预测并确定阈值，确定长度小于阈值的cDNA，其与已知蛋白作同源比对，对不同源部分进行保留，对已有植物lncRNA作二级结构预测，提取二级结构特征，同时对剩余序列作二级结构预测，保留满足结构特征的部分，将待筛选的cDNA序列与小RNA序列进行比对，排除小RNA前体；步骤三、收集已知功能的玉米lncRNA序列，并进行结构预测，对功能lncRNA进行结构特征提取并筛选，构建已知功能玉米lncRNA结构特征集，将步骤二筛选出的玉米lncRNA进行二级结构提取，比对结构特征集，对lncRNA功能确认分类。

公开(公告)号：CN107577922A

公开(公告)日：2018-01-12

申请号：CN201710848923.6

申请日：2017-09-20

Applicant: 吉林大学

Inventor： 张浩 ,  刘元宁 ,  占萌苹 ,  李誌

IPC: G06F19/22

Abstract: 本发明公开了一种基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法，包括如下步骤：步骤一、将玉米全长cDNA序列输入CPLD；步骤二、筛选长度大于200的cDNA序列，对cDNA进行开放阅读框预测并确定阈值，确定长度小于阈值的cDNA，其与已知蛋白作同源比对，对不同源部分进行保留，对已有植物lncRNA作二级结构预测，提取二级结构特征，同时对剩余序列作二级结构预测，保留满足结构特征的部分，将待筛选的cDNA序列与小RNA序列进行比对，排除小RNA前体；步骤三、收集已知功能的玉米lncRNA序列，并进行结构预测，对功能lncRNA进行结构特征提取并筛选，构建已知功能玉米lncRNA结构特征集，将步骤二筛选出的玉米lncRNA进行二级结构提取，比对结构特征集，对lncRNA功能确认分类。