公开(公告)号：CN115223657B

公开(公告)日：2022-12-06

申请号：CN202211140336.9

申请日：2022-09-20

Applicant: 吉林农业大学

Inventor： 任艳姣 ,  兰杰 ,  梁艳春 ,  于合龙 ,  李高阳 ,  柴世民 ,  郭宏亮 ,  高一萌 ,  马丽 ,  韩烨

IPC: G16B25/10 ,  G16B30/10 ,  G16B40/00 ,  G16B50/00 ,  G16C20/30 ,  G06F16/901 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

Abstract: 一种药用植物转录调控图谱预测方法，属于生物信息学技术领域。为了解决当前药用植物遗传背景不清晰的问题，本发明搜集人参等药用植物基因组从头测序数据和转录调控网络，采用序列比对法从类比角度将近源物种的denovo全基因组水平转录调控网络迁移到未完全注释的药用植物基因组中；运用图卷积网络、注意力机制等方法构建深度网络学习架构并对共表达转录调控网络模块进行预测；采用社区发现算法，对差异共表达网络模块进行识别，进而揭示待预测药用植物中的主要成分及其生物合成途径。利用该方法搭建的药用植物转录调控网络可视化数据库平台可查询药用植物转录因子、转录因子调控网络、生物通路。

公开(公告)号：CN115223657A

公开(公告)日：2022-10-21

申请号：CN202211140336.9

申请日：2022-09-20

Applicant: 吉林农业大学

Inventor： 任艳姣 ,  兰杰 ,  梁艳春 ,  于合龙 ,  李高阳 ,  柴世民 ,  郭宏亮 ,  高一萌 ,  马丽 ,  韩烨

IPC: G16B25/10 ,  G16B30/10 ,  G16B40/00 ,  G16B50/00 ,  G16C20/30 ,  G06F16/901 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

Abstract: 一种药用植物转录调控图谱预测方法，属于生物信息学技术领域。为了解决当前药用植物遗传背景不清晰的问题，本发明搜集人参等药用植物基因组从头测序数据和转录调控网络，采用序列比对法从类比角度将近源物种的denovo全基因组水平转录调控网络迁移到未完全注释的药用植物基因组中；运用图卷积网络、注意力机制等方法构建深度网络学习架构并对共表达转录调控网络模块进行预测；采用社区发现算法，对差异共表达网络模块进行识别，进而揭示待预测药用植物中的主要成分及其生物合成途径。利用该方法搭建的药用植物转录调控网络可视化数据库平台可查询药用植物转录因子、转录因子调控网络、生物通路。