公开(公告)号：CN116694730A

公开(公告)日：2023-09-05

申请号：CN202210193448.4

申请日：2022-02-28

Applicant: 南方科技大学

Inventor： 陈曦 ,  靳文菲 ,  徐玮 ,  洪旎

IPC: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C40B50/06 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明提供了一种单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法，利用细胞核原位两步Tn5酶切反应构建开放染色质和转录组共测序文库。本发明提供的方法，缩短了实验流程，简化了转录组文库构建中mRNA的物理分离步骤；设计了Tn5测序接头序列和逆转录引物的碱基序列，在mRNA‑cDNA杂合双链上添加接头，避免使用连接反应添加测序接头，提高了反应效率。此外，本发明还提供一种单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建体系，使用自主研发的反应试剂体系，降低了单细胞文库的制备成本，具有较高的普遍适用性。不仅如此，本发明还提高了反应效率和测序数据质量，单细胞可检出基因数和染色质开放片段数有了显著提高。

公开(公告)号：CN113584598A

公开(公告)日：2021-11-02

申请号：CN202110673111.9

申请日：2021-06-17

Applicant: 南方科技大学

Inventor： 袁昕 ,  余胜 ,  洪旎 ,  靳文菲

IPC: C40B50/06

Abstract: 本发明公开一种单细胞文库的构建方法。所述方法采用高密度溶液作为单细胞标记微珠的悬浮液，采用具有一定高度的细长管路作为微珠悬液的储液池；所述高密度溶液极大地降低了大比重标记微珠在贮存池中的沉降速率，达到了在微流控过程中维持微珠均匀分散的目的；在形成油包水微液滴过程中，所述高密度溶液以一定比例与细胞/细胞核悬液混合，其溶质被稀释至低浓度，使下游文库标记和扩增反应得以进行。本发明解决了单细胞标记微珠在微流控过程中易发生沉降，进而影响文库制备的问题；所述方案适用于一系列密度和尺寸的标记微珠，扩展了选择范围。本发明结构简单、操作方便，可选择合适的容积而避免浪费；其易于更换的特性适合连续制备多个文库。

公开(公告)号：CN116694730B

公开(公告)日：2025-02-14

申请号：CN202210193448.4

申请日：2022-02-28

Applicant: 南方科技大学

Inventor： 陈曦 ,  靳文菲 ,  徐玮 ,  洪旎

IPC: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C40B50/06 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明提供了一种单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建方法，利用细胞核原位两步Tn5酶切反应构建开放染色质和转录组共测序文库。本发明提供的方法，缩短了实验流程，简化了转录组文库构建中mRNA的物理分离步骤；设计了Tn5测序接头序列和逆转录引物的碱基序列，在mRNA‑cDNA杂合双链上添加接头，避免使用连接反应添加测序接头，提高了反应效率。此外，本发明还提供一种单细胞开放染色质和转录组共测序文库的构建体系，使用自主研发的反应试剂体系，降低了单细胞文库的制备成本，具有较高的普遍适用性。不仅如此，本发明还提高了反应效率和测序数据质量，单细胞可检出基因数和染色质开放片段数有了显著提高。

公开(公告)号：CN116144745A

公开(公告)日：2023-05-23

申请号：CN202111369335.7

申请日：2021-11-18

Applicant: 南方科技大学

Inventor： 王雪飞 ,  洪旎 ,  靳文菲

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6888 ,  G06F18/23 ,  G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一组特异性表达标签在鉴定耗竭性T细胞中的应用，其中，所述特异性表达标签为TNFSF4，VCAM1，CXCL13，LAIR2，SOX4和NAB1中的至少两种。本发明通过采用高分辨率的单细胞测序技术，细致地分析了结直肠癌肿瘤微环境中浸润的T细胞亚类，鉴别出肿瘤特异性的耗竭性T细胞群，并发现了该类耗竭性T细胞所表达的一些相比已有的免疫治疗靶点更为特异的基因，可作为耗竭性T细胞的更为特异的表达标签，为临床应用上针对耗竭性T细胞而研发的肿瘤精准治疗提供更为可靠的依据。