公开(公告)号：CN113920003B

公开(公告)日：2025-05-23

申请号：CN202111404214.1

申请日：2021-11-24

Applicant: 南京邮电大学

Inventor： 季星来 ,  朱琳 ,  刘佳鑫 ,  杨洪宇 ,  周伟

IPC: G06T1/20 ,  G16B25/00 ,  G06F30/20 ,  G06F111/10

Abstract: 本发明公开了一种基于GPU快速优化运算基因共表达网络方法，属于互联网领域，包括以下步骤：步骤一：建立数据读取模块、相关性矩阵系数迭代模块和等级数值迭代模块，并用GPU提供算力，构建基因共表达网络；步骤二：利用数据读取模块进行读取输入文件的相关数据。引入了迭代思想，用旧值递推新值，使其能够适应不同条件下的基因共表达数据，进而构建加权关联网络并获得更具有生物学意义的结果；由于GPU具有多核心，将其运用在基因共表达网络分析上，用来处理基因共表达矩阵，能够大大减少分析周期，缩短分析等待时间。在此之上，需要的硬件和软件环境较简单，安装方便。

公开(公告)号：CN113920003A

公开(公告)日：2022-01-11

申请号：CN202111404214.1

申请日：2021-11-24

Applicant: 南京邮电大学

Inventor： 季星来 ,  朱琳 ,  刘佳鑫 ,  杨洪宇 ,  周伟

IPC: G06T1/20 ,  G16B25/00 ,  G06F30/20 ,  G06F111/10

Abstract: 本发明公开了一种基于GPU快速优化运算基因共表达网络方法，属于互联网领域，包括以下步骤：步骤一：建立数据读取模块、相关性矩阵系数迭代模块和等级数值迭代模块，并用GPU提供算力，构建基因共表达网络；步骤二：利用数据读取模块进行读取输入文件的相关数据。引入了迭代思想，用旧值递推新值，使其能够适应不同条件下的基因共表达数据，进而构建加权关联网络并获得更具有生物学意义的结果；由于GPU具有多核心，将其运用在基因共表达网络分析上，用来处理基因共表达矩阵，能够大大减少分析周期，缩短分析等待时间。在此之上，需要的硬件和软件环境较简单，安装方便。

公开(公告)号：CN118782141A

公开(公告)日：2024-10-15

申请号：CN202410754134.6

申请日：2024-06-12

Applicant: 南京邮电大学

Inventor： 冉彪 ,  刘仁宇 ,  季星来 ,  张旭 ,  高佩仪

IPC: G16B20/30

Abstract: 本发明涉及基因数据分析领域，具体涉及一种基于表型的遗传疾病分析方法。本发明通过对表型数据清洗、构建疾病表型本体论、分别计算疾病表型相似性与基因相关性，最后得到表型‑蛋白质互作关系。本发明算法设计的结果可以揭示不同遗传疾病之间的联系和共同性，为疾病的病因和发病机制研究提供了新的视角和思路。与现有技术相比，本发明的技术方案具有更高的准确性和效率，能够更好地揭示遗传疾病之间的相关性，有助于深入研究疾病的分子机理和治疗方法的发展。