一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法

    公开(公告)号:CN114783519B

    公开(公告)日:2025-03-25

    申请号:CN202210596596.0

    申请日:2022-05-30

    Abstract: 本发明公开了一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法,其主要包括:(1)构建基因集与蛋白质集;(2)蛋白质集比对SARG数据库后抽取比对上的序列构建ARGs物种溯源库用于耐药基因溯源分析;(3)基因集构建个性化物种数据库,用于宏基因组微生物丰度计算;(4)收集致病菌物种信息构建致病菌物种数据库,获取样本中致病菌丰度(5)计算生物复合污染指数。本发明本发明实现了耐药基因溯源,可以轻松追踪致病菌携带的耐药基因的情况,同时还重新整合了公共数据库中的致病菌物种并构建致病菌数据库用于分析结果中致病菌信息提取,提出新型的土壤生物复合污染计算方法,为复合污染量化计算提供参考依据。

    一株靶向裂解耐药肺炎克雷伯氏菌的专性噬菌体及其用途

    公开(公告)号:CN119570748A

    公开(公告)日:2025-03-07

    申请号:CN202411791784.4

    申请日:2024-12-06

    Abstract: 本发明公开了一株噬菌体fzNSh6‑m5,分类命名为Klebsiella phage,于2024年11月11日保藏于广东省微生物菌种保藏中心,保藏编号为:GDMCC NO:65463‑B1。本发明噬菌体能够特异性裂解肺炎克雷伯氏菌,室内抑菌试验显示其抑菌率达到了82%,说明本发明噬菌体可用于裂解堆肥腐熟期耐药肺炎克雷伯氏菌,消减抗生素抗性基因。本发明还公开了所述的噬菌体fzNSh6‑m5在裂解耐药肺炎克雷伯氏菌的用途、在裂解堆肥中耐药肺炎克雷伯氏菌的用途或在制备裂解耐药肺炎克雷伯氏菌的噬菌体制剂的用途。

    一种群体感应先导化合物的虚拟筛选方法及应用

    公开(公告)号:CN116189759A

    公开(公告)日:2023-05-30

    申请号:CN202310234744.9

    申请日:2023-03-13

    Abstract: 本发明公开了一种群体感应先导化合物的虚拟筛选方法,主要流程包括:输入的分子化合物结构通过预处理构建分子邻接矩阵,送入GNN1网络生成化合物特征;输入的蛋白质序列,提取其蛋白质氨基酸组成、二肽频率组合成蛋白质初步特征向量,送入交叉网络,生成交叉融合特征;同时,将蛋白质序列生成对应的接触图,随后送入GNN2网络生成蛋白序列特征;最终将三个特征组合送入全连接层预测得到亲和力值。本发明可用于发现新的具有群体感应活性的化合物,为青枯菌等细菌的控制和防治提供新的思路和手段;同时该方法可以高效地筛选出与PhcA和PhcR蛋白结合的化合物,从而发现具有群体感应活性的化合物。

    2-十二烷酮在制备青枯菌群体感应抑制剂的应用

    公开(公告)号:CN118901709A

    公开(公告)日:2024-11-08

    申请号:CN202410973139.8

    申请日:2024-07-19

    Abstract: 本发明公开了2‑十二烷酮在制备青枯菌的群体感应抑制剂的应用。本发明公开了2‑十二烷酮在防控青枯病中的应用。2‑十二烷酮对青枯菌QL‑Rs1115的群体感应具有良好的体外抑制活性,可以显著抑制青枯菌群体感应、降低青枯菌胞外多糖产生和病情指数。与传统的群体感应抑制剂比较,2‑十二烷酮可以挥发性气体形式抑制青枯菌的群体感应,不仅作用范围更大更均匀,而且气体可以更容易地渗透到田间土壤等更复杂的环境中;同时由于2‑十二烷酮本身的挥发性性质,可以减少残留物的问题,也有利于未来大面积的应用。

    一种使用自监督特征学习的三代宏基因组分箱方法

    公开(公告)号:CN116364192A

    公开(公告)日:2023-06-30

    申请号:CN202310216689.0

    申请日:2023-03-08

    Abstract: 本发明公开了一种使用自监督特征学习的三代宏基因组分箱方法,其包括步骤为:步骤一、在已测序基因组数据基础上生成模拟长reads;步骤二、将长reads送入自监督特征表示模型训练,并保存最佳模型参数;步骤三、模型训练后,将三代reads送入模型提取特征,宏基因组long reads序列通过特征表示模型转换成特征向量后,将输入到聚类层通过聚类层进行分箱。本发明避免了以往大多数方法只看重核苷酸频率和覆盖度等统计特征而忽视long reads本身序列特征的缺点,其使用的具有半监督性质的对比学习能够有效利用已有的数据库信息,避免了以往无监督学习的盲目性。

    一种评估致病力强度的报告体系
    9.
    发明公开

    公开(公告)号:CN116004691A

    公开(公告)日:2023-04-25

    申请号:CN202310039660.X

    申请日:2023-01-11

    Abstract: 本发明公开了一种评估致病力强度的报告体系,通过如下步骤构建:首先构建青枯菌OE1‑1的ΔphcB突变体OE1‑1‑dphcB,接着将phcA的直接转录靶点xpsR的启动子区域与编码β‑半乳糖苷酶的大肠杆菌报告基因lacZ分别连接到pUC18‑mini‑Tn7T‑Gm质粒上,通过电激转入OE1‑1‑dphcB后,利用PCR反应筛选构建成功的菌株即为报告菌株。本发明将报告菌株与待测菌株共培养进行β‑半乳糖苷酶活实验,检测xpsR表达情况;xpsR表达情况与lacZ表达呈正相关关系,待测青枯菌株致病力越强,则β‑半乳糖苷酶活性越强,生化实验反应液显色越明显。

    一种研究有益菌挥发性物质控制土传病害的装置

    公开(公告)号:CN115305185A

    公开(公告)日:2022-11-08

    申请号:CN202211090491.4

    申请日:2022-09-07

    Abstract: 本发明公开了一种研究有益菌VOCs控制土传病害的装置,包括第一筒体,第二筒体,第一筒体的顶部敞口,第一筒体的底部与第二筒的顶部连接,在第一筒体和第二筒体的交界处设置有隔板,隔板开有若干圆孔,在隔板上垫有一层无菌过滤层;第一筒体与第二筒体连接处的外壁设有密封层。本发明下部筒体用于培养有益菌产生VOCs,上部筒体用于培育植株;在第一筒体底部打孔并铺垫无菌过滤层,既保证培养装置上下相连,使VOCs气体得以良好扩散进入第一筒体中的基质,又避免作物生长基质落入下部第二筒体;由第二筒体为有益菌产生的VOCs气体提供足够的扩散空间,并在两个筒体连接处外壁缠绕封口膜形成密封层,防止VOCs从中逸出。

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