公开(公告)号：CN118271335A

公开(公告)日：2024-07-02

申请号：CN202211724645.0

申请日：2022-12-30

Applicant: 北京大学

Inventor： 赵美萍 ,  王嘉禹 ,  李芯仪 ,  吴航锐 ,  徐海齐 ,  杨子煜 ,  谭灏诚

IPC: C07D495/04 ,  C12Q1/6869 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明公开了一种基因组DNA中脱碱基位点的精确定位方法，利用生物素标记N‑取代吡咯基丙氨酸(简称PAB)小分子探针标记DNA链中的脱碱基位点。首先使PAB探针与片段化基因组DNA上的脱碱基位点发生Pictet‑Spengler偶联反应，实现共价标记；随后使DNA片段连接第一接头对3’末端进行封闭，然后在核酸内切酶IV的作用下将PAB标记后的DNA链水解，接着通过链霉亲和素捕获、洗脱等方法得到新生成的含3’羟基末端的DNA单链；再将含3’羟基末端的DNA单链与含有随机序列片段的第二接头连接，得到DNA片段用于二代测序，最后通过生物信息学比对实现对脱碱基位点的基因组定位。该方法将小分子探针标记和核酸酶处理相融合，具有高特异性、高灵敏度、高回收率与低成本、简单易行的优势。

公开(公告)号：CN115704771A

公开(公告)日：2023-02-17

申请号：CN202110885477.2

申请日：2021-08-03

Applicant: 北京大学

Inventor： 赵美萍 ,  李芯仪 ,  李泽洲 ,  王嘉禹

IPC: G01N21/64

Abstract: 本发明公开了一种用于组氨酸检测的细菌荧光传感器及其制备方法。本发明选取组氨酸合成功能缺失的细菌菌株作为宿主菌，利用其组氨酸操纵子在组氨酸浓度低时表达增强的特性，结合荧光蛋白基因作为报告基因，构建了一种对组氨酸缺乏环境具有特异性敏感响应的细菌荧光传感器。该细菌荧光传感器能够对组氨酸浓度进行快速、灵敏、原位检测，在研究与组氨酸浓度异常相关的疾病的分子机制、开发和筛选相关的药物，以及检测病原菌感染过程中细胞内组氨酸浓度的变化等方面都具有较高的应用价值。

公开(公告)号：CN115704771B

公开(公告)日：2024-12-17

申请号：CN202110885477.2

申请日：2021-08-03

Applicant: 北京大学

Inventor： 赵美萍 ,  李芯仪 ,  李泽洲 ,  王嘉禹

IPC: G01N21/64

Abstract: 本发明公开了一种用于组氨酸检测的细菌荧光传感器及其制备方法。本发明选取组氨酸合成功能缺失的细菌菌株作为宿主菌，利用其组氨酸操纵子在组氨酸浓度低时表达增强的特性，结合荧光蛋白基因作为报告基因，构建了一种对组氨酸缺乏环境具有特异性敏感响应的细菌荧光传感器。该细菌荧光传感器能够对组氨酸浓度进行快速、灵敏、原位检测，在研究与组氨酸浓度异常相关的疾病的分子机制、开发和筛选相关的药物，以及检测病原菌感染过程中细胞内组氨酸浓度的变化等方面都具有较高的应用价值。

公开(公告)号：CN118562935A

公开(公告)日：2024-08-30

申请号：CN202410809094.0

申请日：2024-06-21

Applicant: 北京大学

Inventor： 赵美萍 ,  李芯仪 ,  吴航锐

IPC: C12Q1/6816 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种基因组DNA中8‑氧代鸟嘌呤(OG)的精准定位方法，利用8‑氧代鸟嘌呤糖基化酶OGG1对OG位点的高特异性识别以及特殊的两步酶切性质，直接将OG位点转化为DNA单链的断裂并且暴露3’磷酸不饱和醛(3’‑PUA)和5’磷酸(5’‑P)两种末端，随后利用醛基反应探针对3’‑PUA中的活性醛基进行化学标记，从基因组DNA中特异性富集含有OG位点的DNA片段，最后通过对酶切产生5’‑P末端短链构建DNA文库和二代测序对OG位点进行定位。本发明方法中酶切和化学标记的反应条件温和，对OG位点的富集效率高，而且在特异性标记OG位点的同时通过DNA文库构建策略实现了对OG位点的单碱基分辨率标记，不需要额外的步骤来确定OG位点的位置，使得整个定位检测流程简洁高效，准确性高。