公开(公告)号：CN118271335A

公开(公告)日：2024-07-02

申请号：CN202211724645.0

申请日：2022-12-30

Applicant: 北京大学

Inventor： 赵美萍 ,  王嘉禹 ,  李芯仪 ,  吴航锐 ,  徐海齐 ,  杨子煜 ,  谭灏诚

IPC: C07D495/04 ,  C12Q1/6869 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明公开了一种基因组DNA中脱碱基位点的精确定位方法，利用生物素标记N‑取代吡咯基丙氨酸(简称PAB)小分子探针标记DNA链中的脱碱基位点。首先使PAB探针与片段化基因组DNA上的脱碱基位点发生Pictet‑Spengler偶联反应，实现共价标记；随后使DNA片段连接第一接头对3’末端进行封闭，然后在核酸内切酶IV的作用下将PAB标记后的DNA链水解，接着通过链霉亲和素捕获、洗脱等方法得到新生成的含3’羟基末端的DNA单链；再将含3’羟基末端的DNA单链与含有随机序列片段的第二接头连接，得到DNA片段用于二代测序，最后通过生物信息学比对实现对脱碱基位点的基因组定位。该方法将小分子探针标记和核酸酶处理相融合，具有高特异性、高灵敏度、高回收率与低成本、简单易行的优势。