公开(公告)号：CN113658641B

公开(公告)日：2024-07-26

申请号：CN202110819164.7

申请日：2021-07-20

Applicant: 北京大学

Inventor： 朱怀球 ,  吴姝芳 ,  方臻成 ,  谭洁 ,  李墨 ,  王春晖 ,  郭倩 ,  徐聪敏 ,  江小青

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/048 ,  G06N3/08

Abstract: 本申请提供了一种噬菌体分类方法、装置、设备及存储介质，涉及生物测序技术领域。本申请将从噬菌体全基因组数据提取出的短序列样本进行独热编码，直接使用碱基信息训练预先构建的深度神经网络，得到能够基于短序列信息，鉴定噬菌体属于温和噬菌体还是烈性噬菌体的分类器。鉴于宏基因组测序得到的噬菌体序列长度跨度较大，本申请设置对应四组不同长度区间的深度神经网络，各组长度区间下的深度神经网络学习不同长度的序列特征，提高预测性能。另外针对长度超过四组长度区间的序列，设置了基于权重的预测方法，使得本申请可以对任意长度的噬菌体序列进行分类。本申请还对短序列样本进行补序，扩充训练数据，提高了深度神经网络的分类性能。

公开(公告)号：CN113658641A

公开(公告)日：2021-11-16

申请号：CN202110819164.7

申请日：2021-07-20

Applicant: 北京大学

Inventor： 朱怀球 ,  吴姝芳 ,  方臻成 ,  谭洁 ,  李墨 ,  王春晖 ,  郭倩 ,  徐聪敏 ,  江小青

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

Abstract: 本申请提供了一种噬菌体分类方法、装置、设备及存储介质，涉及生物测序技术领域。本申请将从噬菌体全基因组数据提取出的短序列样本进行独热编码，直接使用碱基信息训练预先构建的深度神经网络，得到能够基于短序列信息，鉴定噬菌体属于温和噬菌体还是烈性噬菌体的分类器。鉴于宏基因组测序得到的噬菌体序列长度跨度较大，本申请设置对应四组不同长度区间的深度神经网络，各组长度区间下的深度神经网络学习不同长度的序列特征，提高预测性能。另外针对长度超过四组长度区间的序列，设置了基于权重的预测方法，使得本申请可以对任意长度的噬菌体序列进行分类。本申请还对短序列样本进行补序，扩充训练数据，提高了深度神经网络的分类性能。