公开(公告)号：CN115011668A

公开(公告)日：2022-09-06

申请号：CN202210678914.8

申请日：2022-06-16

Applicant: 北京医院

Inventor： 王征 ,  刘东戈 ,  王逸菲 ,  李琳 ,  李晓光 ,  崔娣 ,  杨丽 ,  邸婧 ,  何磊 ,  孙铭君

IPC: C12Q1/6806 ,  C40B50/06 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6886

Abstract: 本发明公开了一种痰液标本无细胞上清游离DNA二代测序建库、检测方法。所述痰液标本cfDNA二代测序建库方法包括以下步骤：1)提取、质控：对痰液标本进行化痰处理，离心，从上清液中提取痰液标本的cfDNA，对所述cfDNA进行浓度检测；2)构建文库：使用基因二代测序检测试剂盒进行痰液标本的cfDNA文库的构建，得痰液标本的cfDNA的基因测序文库。本发明通过收集83例痰液标本，同时收集配对肿瘤标本，进行NGS检测及下机数据分析，建立了痰液标本无细胞上清cfDNA进行NGS的文库，并给出了检测前、检测中及检测后数据分析过程中优化方案。

公开(公告)号：CN109762809A

公开(公告)日：2019-05-17

申请号：CN201910220644.4

申请日：2019-03-22

Applicant: 北京医院

Inventor： 王征 ,  刘东戈 ,  张琳 ,  施红 ,  孙明君 ,  崔娣 ,  李琳 ,  徐燕 ,  王孟昭 ,  邸婧 ,  阮力 ,  宋庆涛

IPC: C12N15/10 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明涉及DNA的提取方法领域，提供一种痰液标本中cfDNA的提取方法，其包括制备痰液中的cfDNA的提取样本和将提取样本使用提取cfDNA的试剂盒进行cfDNA的提取，所述痰液中cfDNA的提取样本的制备方法包括如下步骤：1)痰液收集；2)痰液标本质控；3)将痰液标本与化痰液混合，震摇至化痰完全，得到化痰混合液；4)将化痰混合液进行离心处理，分离上清液和底部沉淀，所述上清液即为无细胞上清液；5)将无细胞上清液进离心处理，收集上清液，得到提取样本。本发明的痰液标本中cfDNA的提取方法，提供了一种规范化的痰液标本中cfDNA的提取流程，能够从痰液标本中获取足量的cfDNA为后续基因改变检测提供基础。

公开(公告)号：CN111028888B

公开(公告)日：2024-07-16

申请号：CN201811172904.7

申请日：2018-10-09

Applicant: 北京贝瑞和康生物技术有限公司 ,  北京医院

Inventor： 刘弼 ,  李小雨 ,  宫玉艳 ,  武旺 ,  张钰 ,  王征 ,  刘东戈

IPC: G16B30/00 ,  G16H50/20

Abstract: 本发明涉及一种全基因组拷贝数变异的检测方法，其包括以下步骤：(1)获得DNA样品的全基因组测序的测序结果序列；(2)将所述测序结果序列与人类参考基因组比对，并计算CNV在染色体区段的坐标位置以及所述CNV在该区段的拷贝数CN检测；(3)通过以下公式计算所述DNA样品的综合CNV评分：#imgabs0#其中，CNV长度表示根据CNV在染色体区段的坐标位置计算的CNV的长度，CN参考表示正常样品中的染色体拷贝数，其中所述CNV评分表示所述DNA样品的全基因组拷贝数变异。本发明还涉及所述检测方法在癌症诊断中的用途，以及用于诊断癌症状况的设备。

公开(公告)号：CN109762809B

公开(公告)日：2021-06-29

申请号：CN201910220644.4

申请日：2019-03-22

Applicant: 北京医院

Inventor： 王征 ,  刘东戈 ,  张琳 ,  施红 ,  孙明君 ,  崔娣 ,  李琳 ,  徐燕 ,  王孟昭 ,  邸婧 ,  阮力 ,  宋庆涛

IPC: C12N15/10 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明涉及DNA的提取方法领域，提供一种痰液标本中cfDNA的提取方法，其包括制备痰液中的cfDNA的提取样本和将提取样本使用提取cfDNA的试剂盒进行cfDNA的提取，所述痰液中cfDNA的提取样本的制备方法包括如下步骤：1)痰液收集；2)痰液标本质控；3)将痰液标本与化痰液混合，震摇至化痰完全，得到化痰混合液；4)将化痰混合液进行离心处理，分离上清液和底部沉淀，所述上清液即为无细胞上清液；5)将无细胞上清液进离心处理，收集上清液，得到提取样本。本发明的痰液标本中cfDNA的提取方法，提供了一种规范化的痰液标本中cfDNA的提取流程，能够从痰液标本中获取足量的cfDNA为后续基因改变检测提供基础。

公开(公告)号：CN109762808B

公开(公告)日：2021-06-29

申请号：CN201910220641.0

申请日：2019-03-22

Applicant: 北京医院

Inventor： 王征 ,  刘东戈 ,  张琳 ,  施红 ,  孙明君 ,  崔娣 ,  杨丽 ,  李琳 ,  李晓光 ,  李元明 ,  焦鹏 ,  阮力 ,  宋庆涛

IPC: C12N15/10 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明提供一种用于提取痰液标本无细胞上清中游离DNA的化痰液，由生理盐水和浓度为0.1‑0.7mol/L的二硫苏糖醇水溶液组成；生理盐水与二硫苏糖醇水溶液在使用前独立包装、存放；在使用现场将生理盐水与痰液标本、二硫苏糖醇水溶液混合；生理盐水与二硫苏糖醇水溶液的体积比为9:1。本发明的配方试剂容易获得，配制方法简单，利于广泛推广；与已应用于临床的化痰液试剂比较在化痰效果、获得cfDNA的量，以及基因改变检测结果的准确性方面均显示优势；由于获得cfDNA量丰富，可以进行多种基因检测；该配方为等渗液体，短期处理收集无细胞上清后，沉淀内加入细胞固定液不会破坏细胞形态，不影响后续细胞学病理诊断结果。

公开(公告)号：CN111028888A

公开(公告)日：2020-04-17

申请号：CN201811172904.7

申请日：2018-10-09

Applicant: 北京贝瑞和康生物技术有限公司 ,  北京医院

Inventor： 刘弼 ,  李小雨 ,  宫玉艳 ,  武旺 ,  张钰 ,  王征 ,  刘东戈

IPC: G16B30/00 ,  G16H50/20

Abstract: 本发明涉及一种全基因组拷贝数变异的检测方法，其包括以下步骤：(1)获得DNA样品的全基因组测序的测序结果序列；(2)将所述测序结果序列与人类参考基因组比对，并计算CNV在染色体区段的坐标位置以及所述CNV在该区段的拷贝数CN检测；(3)通过以下公式计算所述DNA样品的综合CNV评分： 其中，CNV长度表示根据CNV在染色体区段的坐标位置计算的CNV的长度，CN参考表示正常样品中的染色体拷贝数，其中所述CNV评分表示所述DNA样品的全基因组拷贝数变异。本发明还涉及所述检测方法在癌症诊断中的用途，以及用于诊断癌症状况的设备。

公开(公告)号：CN109762808A

公开(公告)日：2019-05-17

申请号：CN201910220641.0

申请日：2019-03-22

Applicant: 北京医院

Inventor： 王征 ,  刘东戈 ,  张琳 ,  施红 ,  孙明君 ,  崔娣 ,  杨丽 ,  李琳 ,  李晓光 ,  李元明 ,  焦鹏 ,  阮力 ,  宋庆涛

IPC: C12N15/10 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明提供一种用于提取痰液标本无细胞上清中游离DNA的化痰液，由生理盐水和浓度为0.1-0.7mol/L的二硫苏糖醇水溶液组成；生理盐水与二硫苏糖醇水溶液在使用前独立包装、存放；在使用现场将生理盐水与痰液标本、二硫苏糖醇水溶液混合；生理盐水与二硫苏糖醇水溶液的体积比为9:1。本发明的配方试剂容易获得，配制方法简单，利于广泛推广；与已应用于临床的化痰液试剂比较在化痰效果、获得cfDNA的量，以及基因改变检测结果的准确性方面均显示优势；由于获得cfDNA量丰富，可以进行多种基因检测；该配方为等渗液体，短期处理收集无细胞上清后，沉淀内加入细胞固定液不会破坏细胞形态，不影响后续细胞学病理诊断结果。