一种panel内引物兼容性筛选方法、系统及存储介质

    公开(公告)号:CN116798516A

    公开(公告)日:2023-09-22

    申请号:CN202310746052.2

    申请日:2023-06-21

    Abstract: 本发明公开了一种panel内引物兼容性筛选方法、系统及存储介质,方法包括:将多个引物池合并为待排序的引物池,将引物池按照引物长度与兼并度排序;采用多进程滑窗式对比的方式进行引物对比,为了加快对比进程,加入了哈希算法,以互补配对长度、配对区域GC含量、自由能和互补配对所需的退火温度为兼容性评估因素,计算各因素的加权得分,记录引物二聚体信息后结果输出。相较于现有的引物兼容性筛选方法,随着引物池规模的扩大,对比所需时间和内存会以指数级增长,且过于依赖研发人员手动比较,本发明能够在较短时间内精确地输出高风险的引物对。本发明为制作病毒panel提供另外一种途径。

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