公开(公告)号：CN117116347A

公开(公告)日：2023-11-24

申请号：CN202311388052.6

申请日：2023-10-25

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 刘万飞 ,  杨林 ,  林强 ,  崔鹏

IPC: G16B25/20 ,  G16B30/10

Abstract: 本申请涉及生物技术领域，具体涉及多序列保守区间的探测方法、简并引物的设计方法、相关装置和电子设备。该方法包括：获取多条核苷酸序列的多序列比对文件；计算多序列比对文件中各个位点的香农熵F(X)，其中，X表示多序列比对文件中某一列碱基的相对位置；计算保守位点的香农熵最大阈值N；判断各个位点的F(X)是否小于等于N，根据所得的判断结果判定待判定位点是否为保守位点，得到保守位点信息；根据保守位点信息，得到若干个保守区间。本发明方法实现了对多序列比对结果保守区间的更全面和准确的探测，从而提高了设计的简并引物的覆盖度。

公开(公告)号：CN117116347B

公开(公告)日：2024-01-26

申请号：CN202311388052.6

申请日：2023-10-25

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 刘万飞 ,  杨林 ,  林强 ,  崔鹏

IPC: G16B25/20 ,  G16B30/10

Abstract: 本申请涉及生物技术领域，具体涉及多序列保守区间的探测方法、简并引物的设计方法、相关装置和电子设备。该方法包括：获取多条核苷酸序列的多序列比对文件；计算多序列比对文件中各个位点的香农熵F(X)，其中，X表示多序列比对文件中某一列碱基的相对位置；计算保守位点的香农熵最大阈值N；判断各个位点的F(X)是否小于等于N，根据所得的判断结果判定待判定位点是否为保守位点，得到保守位点信息；根据保守位点信息，得到若干个保守区间。本发明方法实现了对多序列比对结果保守区间的更全面和准确的探测，从而提高了设计的简并引物的覆盖度。