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公开(公告)号：CN105808976B
公开(公告)日：2018-02-27
申请号：CN201610120986.5
申请日：2016-03-03
Applicant: 中南大学
IPC: G06F19/20
Abstract: 本发明公开了一种基于推荐模型的miRNA靶基因预测方法(miRTRS)，利用已被实验验证过的miRNA靶基因数据构建miRNA与基因的二分图，并在此基础上，使用基于二分图的推荐算法来计算一个基因是miRNA靶基因的可能性，并在此推荐算法中引入了miRNA之间的序列相似性这一生物数据。最后通过推荐值降序排序，取其排名靠前的认为是miRNA靶基因关系。本发明简单易用，与已有的miRNA靶基因预测方法相比较，本发明提出的方法在预测的准确性、敏感度和特异性等方面都有明显提高，能为生物学家进行miRNA靶基因发现的实验和进一步研究提供有价值的参考信息。
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公开(公告)号：CN105787295A
公开(公告)日：2016-07-20
申请号：CN201610153531.3
申请日：2016-03-17
Applicant: 中南大学
IPC: G06F19/20
CPC classification number: G06F19/20
Abstract: 本发明公开了一种基于双端读数insert size分布的contig错误连接区域识别方法，包括以下步骤：1)输入contigs集合和双端读数文库，使用序列比对工具将双端读数文库的双端读数比对到contigs集合上，得到比对结果；2)根据比对结果，得到双端支持稀疏的区域；将这些区域作为错误连接的候选区域；3)并通过双端读数的分布检验对候选区域进行延伸，最终通过区域长度判定候选区域是否是错误连接位置；4)确定错误连接区域的边界。本发明方法具有较高的准确度，通过错误位点切割能够明显减少contig中的拼接错误，有效地提高了contig的质量。
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公开(公告)号：CN105787295B
公开(公告)日：2018-03-06
申请号：CN201610153531.3
申请日：2016-03-17
Applicant: 中南大学
IPC: G06F19/20
Abstract: 本发明公开了一种基于双端读数insert size分布的contig错误连接区域识别方法，包括以下步骤：1)输入contigs集合和双端读数文库，使用序列比对工具将双端读数文库的双端读数比对到contigs集合上，得到比对结果；2)根据比对结果，得到双端支持稀疏的区域；将这些区域作为错误连接的候选区域；3)并通过双端读数的分布检验对候选区域进行延伸，最终通过区域长度判定候选区域是否是错误连接位置；4)确定错误连接区域的边界。本发明方法具有较高的准确度，通过错误位点切割能够明显减少contig中的拼接错误，有效地提高了contig的质量。
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公开(公告)号：CN105808976A
公开(公告)日：2016-07-27
申请号：CN201610120986.5
申请日：2016-03-03
Applicant: 中南大学
IPC: G06F19/20
CPC classification number: G06F19/20
Abstract: 本发明公开了一种基于推荐模型的miRNA靶基因预测方法(miRTRS)，利用已被实验验证过的miRNA靶基因数据构建miRNA与基因的二分图，并在此基础上，使用基于二分图的推荐算法来计算一个基因是miRNA靶基因的可能性，并在此推荐算法中引入了miRNA之间的序列相似性这一生物数据。最后通过推荐值降序排序，取其排名靠前的认为是miRNA靶基因关系。本发明简单易用，与已有的miRNA靶基因预测方法相比较，本发明提出的方法在预测的准确性、敏感度和特异性等方面都有明显提高，能为生物学家进行miRNA靶基因发现的实验和进一步研究提供有价值的参考信息。
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