公开(公告)号：CN112687334B

公开(公告)日：2022-09-23

申请号：CN202011597128.2

申请日：2020-12-29

Applicant: 中南大学

Inventor： 项荣 ,  罗穆峰 ,  黄皓 ,  范亮亮

IPC: G16B20/30 ,  G16B45/00

Abstract: 本发明涉及一种可应用于传染病病原体测序的读段映射延伸方法。本发明提出的方法通过将同步扫描与广度优先搜索结合，大大减少了计算量，提高了映射延伸的速度。

公开(公告)号：CN112687334A

公开(公告)日：2021-04-20

申请号：CN202011597128.2

申请日：2020-12-29

Applicant: 中南大学

Inventor： 项荣 ,  罗穆峰 ,  黄皓 ,  范亮亮

IPC: G16B20/30 ,  G16B45/00

Abstract: 本发明涉及一种可应用于传染病病原体测序的读段映射延伸方法。本发明提出的方法通过将同步扫描与广度优先搜索结合，大大减少了计算量，提高了映射延伸的速度。

公开(公告)号：CN112712850A

公开(公告)日：2021-04-27

申请号：CN202011597126.3

申请日：2020-12-29

Applicant: 中南大学

Inventor： 项荣 ,  罗穆峰 ,  范亮亮 ,  黄皓

IPC: G16B15/00 ,  G16B20/30 ,  G16B25/00

Abstract: 本发明涉及一种可应用于传染病病原体测序读段映射的种子序列定位方法。该方法包括如下步骤：(1)预设种子长度：将种子长度N预先设定为某个值；(2)为参考基因组建立二叉树索引；(3)在二叉树索引上定位：在二叉树索引上对每个读段进行种子序列定位，其中对于每个读段其定位方法是：对读段中每个长为N的片段，都在二叉树索引上查找。相比现有技术本发明提供的种子序列定位方法计算量极大减少。