公开(公告)号：CN114400050B

公开(公告)日：2025-05-09

申请号：CN202210245595.1

申请日：2022-03-14

Applicant: 中南大学

Inventor： 彭小清 ,  崔万新 ,  孔祥艳 ,  胡德华 ,  盛羽

IPC: G16B40/20 ,  G16B40/30

Abstract: 本发明公开了一种DMR集合识别结果评估方法，包括对于每个预测的差异甲基化区域以区域内探针CpG位点为中心对CpG位点进行聚类；计算每个探针在实验组和对照组甲基化芯片数据上的平均甲基化水平差值；计算每个探针CpG位点与对应类中其他CpG位点的相关系数；计算每个差异甲基化区域在实验组和对照组甲基化芯片数据上的甲基化水平差异；计算每个待评估方法的评估指标完成DMR集合识别结果的评估。本发明还公开了一种实现所述DMR集合识别结果评估方法的评估系统，以及包括了所述DMR集合识别结果评估方法的选择方法。本发明无需匹配额外生物数据，能够为选择更优异的差异甲基化区域集合提供指导，客观性高、可靠性高且科学合理。

公开(公告)号：CN116129995A

公开(公告)日：2023-05-16

申请号：CN202211500204.2

申请日：2022-11-28

Applicant: 中南大学

Inventor： 彭小清 ,  张文锦 ,  李吉 ,  揭文龙 ,  崔万新

IPC: G16B20/30 ,  G16B40/30 ,  G06F18/2321

Abstract: 本发明公开了一种基于聚类的多个差异甲基化区域预测集合集成方法，包括将基因组分割为若干互不交叠的基因组区块；设定阈值并评估所有预测集合在阈值下的可靠性，构建可靠性权重矩阵；计算得到每个基因组区块的权重；对所有基因组区块进行聚类得到最终的集成后的差异甲基化区域集合。本发明还公开了一种实现所述基于聚类的多个差异甲基化区域预测集合集成方法的系统。本发明基于方法覆盖度和甲基化差异对差异甲基化区域区分能力的影响计算基因组区块的权重，提高了集成集合的可靠性，而且通过对不同方法预测的差异甲基化区域集合进行合理集成，能够提供更可靠、全面、显著的差异甲基化区域集合；而且本发明的可靠性高、准确性好且客观科学。

公开(公告)号：CN114400050A

公开(公告)日：2022-04-26

申请号：CN202210245595.1

申请日：2022-03-14

Applicant: 中南大学

Inventor： 彭小清 ,  崔万新 ,  孔祥艳 ,  胡德华 ,  盛羽

IPC: G16B40/20 ,  G16B40/30

Abstract: 本发明公开了一种DMR集合识别结果评估方法，包括对于每个预测的差异甲基化区域以区域内探针CpG位点为中心对CpG位点进行聚类；计算每个探针在实验组和对照组甲基化芯片数据上的平均甲基化水平差值；计算每个探针CpG位点与对应类中其他CpG位点的相关系数；计算每个差异甲基化区域在实验组和对照组甲基化芯片数据上的甲基化水平差异；计算每个待评估方法的评估指标完成DMR集合识别结果的评估。本发明还公开了一种实现所述DMR集合识别结果评估方法的评估系统，以及包括了所述DMR集合识别结果评估方法的选择方法。本发明无需匹配额外生物数据，能够为选择更优异的差异甲基化区域集合提供指导，客观性高、可靠性高且科学合理。