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公开(公告)号：CN107058291B
公开(公告)日：2020-08-25
申请号：CN201710304056.X
申请日：2017-05-03
Applicant: 东南大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明提出了一种基于细长反应腔的全基因组扩增方法，其特征在于将多重链置换扩增反应体系注入细长型的反应腔中，完成对目标基因组的全基因组扩增。细长形的反应腔体将多重链置换扩增反应体系相对分隔于一个细长的反应腔中，各微观反应单元之间的物质交换和相互影响大为减少，因此各微观反应单元以一个相对独立的状态发生反应，目标核酸各个片段之间的扩增一致性得到很大提升。同时，基于细长反应腔的多重链置换扩增，不需要预先制备微液滴发生装置或复杂反应微腔，并且在系统调试和扩增反应的过程中，不需要对微量液体进行精密和复杂的控制，简化了反应系统，降低了操作复杂度。
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公开(公告)号：CN102703595A
公开(公告)日：2012-10-03
申请号：CN201210193643.3
申请日：2012-06-13
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法及其检测试剂，将STR序列检测方法的基本原理与高通量DNA测序技术结合，提供了一种在高通量测序平台上运行的、对海量STR序列样本进行检测的方法以及相应的检测试剂。根据测序系统相应的文库制备方法，将待测样本的STR序列直接或间接固定在检测芯片上，按照检测的流程加入合适的检测试剂，并控制反应的条件，采用碱基选择性可控延伸的技术方案，检测样本所在的各个反应位点发出的荧光强度信号，最终，通过分析检测全过程中各个检测位点的荧光信号照片得到海量样本的检测结果。本发明的最大优点是极大提高了每次可检测的样本数量，从而大大降低了检测的成本以及耗费的时间。
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公开(公告)号：CN104388546B
公开(公告)日：2017-04-12
申请号：CN201410599337.9
申请日：2014-10-30
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种两轮信号耦合编码的DNA连接测序方法，该方法通过优化标记物的编码方式，从而实现在不增加标记物的前提下，利用简单的信号编码关系建立两轮信号之间的耦合关联，一轮测序反应中测定超过一位碱基信息，从而形成快速、准确、低成本和高通量的DNA序列测定方法。本发明方法通过对两轮测序信号的耦合，测定了3位碱基的信息，大大提高了测序速度，当连接效率一定时，测序读长增加了50％，同时测序成本也有一定幅度的降低，并且两轮测序信号之间形成了相互校验的作用，也有利于提升测序结果的准确性。
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公开(公告)号：CN104152568B
公开(公告)日：2016-03-16
申请号：CN201410410187.2
申请日：2014-08-19
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供了一种高效快捷的高通量STR序列核心重复数检测的方法，包括首先在已扩增到检测基片的STR序列簇上杂交一对检测引物，其中终引物上修饰荧光基团；随后利用核苷酸组合进行分步延伸，同时在每轮延伸后检测荧光信号，直至终引物上带荧光的碱基被聚合酶切除，信号消失为止；最终分析荧光信号的情况，得到相应的STR序列核心重复数。本发明采用通用的生物化学试剂，广泛适用于生物芯片及高通量测序等检测平台，且信噪比很高，明显提高了STR检测的准确性和对杂合STR的分辨率，同时其高通量特性使得该方法可以通过检测更多STR基因座得到更加确信的结果以及检测更多样本实现快速的群体STR检测。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN104388546A
公开(公告)日：2015-03-04
申请号：CN201410599337.9
申请日：2014-10-30
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2565/1015 , C12Q2563/107
Abstract: 本发明公开了一种两轮信号耦合编码的DNA连接测序方法，该方法通过优化标记物的编码方式，从而实现在不增加标记物的前提下，利用简单的信号编码关系建立两轮信号之间的耦合关联，一轮测序反应中测定超过一位碱基信息，从而形成快速、准确、低成本和高通量的DNA序列测定方法。本发明方法通过对两轮测序信号的耦合，测定了3位碱基的信息，大大提高了测序速度，当连接效率一定时，测序读长增加了50％，同时测序成本也有一定幅度的降低，并且两轮测序信号之间形成了相互校验的作用，也有利于提升测序结果的准确性。
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公开(公告)号：CN104152568A
公开(公告)日：2014-11-19
申请号：CN201410410187.2
申请日：2014-08-19
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6844 , C12Q2525/151 , C12Q2563/107 , C12Q2543/101
Abstract: 本发明提供了一种高效快捷的高通量STR序列核心重复数检测的方法，包括首先在已扩增到检测基片的STR序列簇上杂交一对检测引物，其中终引物上修饰荧光基团；随后利用核苷酸组合进行分步延伸，同时在每轮延伸后检测荧光信号，直至终引物上带荧光的碱基被聚合酶切除，信号消失为止；最终分析荧光信号的情况，得到相应的STR序列核心重复数。本发明采用通用的生物化学试剂，广泛适用于生物芯片及高通量测序等检测平台，且信噪比很高，明显提高了STR检测的准确性和对杂合STR的分辨率，同时其高通量特性使得该方法可以通过检测更多STR基因座得到更加确信的结果以及检测更多样本实现快速的群体STR检测。
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公开(公告)号：CN107058291A
公开(公告)日：2017-08-18
申请号：CN201710304056.X
申请日：2017-05-03
Applicant: 东南大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明提出了一种基于细长反应腔的全基因组扩增方法，其特征在于将多重链置换扩增反应体系注入细长型的反应腔中，完成对目标基因组的全基因组扩增。细长形的反应腔体将多重链置换扩增反应体系相对分隔于一个细长的反应腔中，各微观反应单元之间的物质交换和相互影响大为减少，因此各微观反应单元以一个相对独立的状态发生反应，目标核酸各个片段之间的扩增一致性得到很大提升。同时，基于细长反应腔的多重链置换扩增，不需要预先制备微液滴发生装置或复杂反应微腔，并且在系统调试和扩增反应的过程中，不需要对微量液体进行精密和复杂的控制，简化了反应系统，降低了操作复杂度。
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公开(公告)号：CN104328183A
公开(公告)日：2015-02-04
申请号：CN201410606032.6
申请日：2014-10-30
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2523/125 , C12Q2535/122
Abstract: 本发明公开了基于高通量测序的基因组单倍型甲基化检测方法，对亚硫酸氢盐转化后的基因组DNA进行稀释、分隔、扩增后构建一组转化文库并测序获得基因组单倍型甲基化信息。本发明最大的优点是实现了高通量分析基因组单倍型甲基化信息，通过转化、稀释和分隔等步骤，利用较短读长的高通量测序实现长片段基因组单倍型甲基化信息的判读；本发明的方法简单，操作简易，不需要额外增加特殊的仪器设备，所述过程均可通过成熟技术实现；本发明适用面广，既适用于杂合度较低的双倍型的人类基因组的单倍型甲基化分析，又适用于其他杂合度高或者多倍型的基因组的单倍型甲基化分析。
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公开(公告)号：CN102703595B
公开(公告)日：2014-02-12
申请号：CN201210193643.3
申请日：2012-06-13
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法及其检测试剂，将STR序列检测方法的基本原理与高通量DNA测序技术结合，提供了一种在高通量测序平台上运行的、对海量STR序列样本进行检测的方法以及相应的检测试剂。根据测序系统相应的文库制备方法，将待测样本的STR序列直接或间接固定在检测芯片上，按照检测的流程加入合适的检测试剂，并控制反应的条件，采用碱基选择性可控延伸的技术方案，检测样本所在的各个反应位点发出的荧光强度信号，最终，通过分析检测全过程中各个检测位点的荧光信号照片得到海量样本的检测结果。本发明的最大优点是极大提高了每次可检测的样本数量，从而大大降低了检测的成本以及耗费的时间。
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