公开(公告)号：CN113903411B

公开(公告)日：2024-06-28

申请号：CN202110916224.7

申请日：2021-08-11

Applicant: 东北林业大学

Inventor： 陈宇 ,  由东亮

IPC: G16C20/90 ,  G16B20/20

Abstract: 本发明涉及一种基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法，其中基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法包括：首先在NCBI官方网站获取需要进行基因组组装的数据集，对数据集进行处理。将数据拼接后利用gSACA‑K算法计算后缀数组等辅助信息。根据数据特点选择相应的模式构建单调栈，遍历后缀数组对单调栈进行维护，判断后缀类型进行相应的操作，并在维护过程中获取所需信息来完成基因组组装的预处理，最后根据获取到的信息来建立边权图，边权图的建立即代表基因组组装预处理的完成。

公开(公告)号：CN113903411A

公开(公告)日：2022-01-07

申请号：CN202110916224.7

申请日：2021-08-11

Applicant: 东北林业大学

Inventor： 陈宇 ,  由东亮

IPC: G16C20/90 ,  G16B20/20

Abstract: 本发明涉及一种基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法，其中基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法包括：首先在NCBI官方网站获取需要进行基因组组装的数据集，对数据集进行处理。将数据拼接后利用gSACA‑K算法计算后缀数组等辅助信息。根据数据特点选择相应的模式构建单调栈，遍历后缀数组对单调栈进行维护，判断后缀类型进行相应的操作，并在维护过程中获取所需信息来完成基因组组装的预处理，最后根据获取到的信息来建立边权图，边权图的建立即代表基因组组装预处理的完成。