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公开(公告)号：CN107622183B
公开(公告)日：2021-04-09
申请号：CN201710699073.8
申请日：2017-08-15
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
Abstract: 本发明公开的一种基于多重指标的胎儿染色体倍性检测分析方法，其包括如下步骤：(1)质量控制步骤；(2)胎儿DNA含量估计步骤；(3)计算Z、ZZ、BM统计指标步骤；(4)输出图表步骤；(5)结果评估步骤。本发明与现有技术相比，主要有以下几大优势：(1)质控更加严格。(2)检测指标多样化。(3)检测结果更全面。(4)数据结果可视化。
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公开(公告)号：CN111681708A
公开(公告)日：2020-09-18
申请号：CN202010484597.7
申请日：2020-06-01
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于perl语言快速自动化分析多个SNP位点的方法，包括如下步骤：步骤一：将多个测序结果进行汇总后对所述测序结果的测序质量进行过滤：根据QUAL文件里碱基质量值，保留Q值大于30的；步骤二：构建clustalw文件，利用clustalw软件把测序序列和参考基因序列聚类；步骤三：计算有效测序数及位点突变个数；根据clustalw文件，找出与参考序列相比有差异的碱基，Q值大于30的输出，Q值小于30判定无效；步骤四：进行分类，汇总数据：按照参考序列FASTA文件的名称，使用perl语言变量函数，分类汇总步骤三中输出的结果。本发明能够为市面上主流的基因检测、慢病和肿瘤等项目提供多个SNP位点筛查，提供了大大的帮助。
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公开(公告)号：CN109536591A
公开(公告)日：2019-03-29
申请号：CN201811475873.2
申请日：2018-12-04
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
IPC: C12Q1/686
Abstract: 本发明公开了一种PCR扩增方法，其特征在于，包括如下步骤：样品分类标记步骤：将扩增V区相同的样品进行分类；反应表制作步骤：根据对应的样品、样品来源及引物信息统一记录在反应表中；样品反应步骤：将分类好的样品配置MIX后开始上机反应；样品数据处理步骤：将不同样品的下机数据保留，对相关参数做宏。本发明的有益效果在于：通过合理的进行样品分类标记，将散乱的大批量样本进行有效组合后再上机进行扩增，降低了实验操作错误的风险和降低了后续数据整理的难度。
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公开(公告)号：CN107541550A
公开(公告)日：2018-01-05
申请号：CN201710720707.3
申请日：2017-08-21
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开的一种人ROS1融合基因检测方法，其在CD74 E6-ROS1 E32，CD74 E6-ROS1 E34，SLC34A2 E13-ROS1 E32，SLC34A2 E4-ROS1 E32，SLC34A2 E4-ROS1 E34，SDC4 E2-ROS1 E32，SDC4 E4-ROS1 E32，SDC4 E4-ROS1 E34，TPM3 E8-ROS1 E35，EZR E10-ROS1 E34，LRIG3 E16-ROS1 E35的ROS1融合partner基因的融合外显子上各设计一条引物，在ROS1的32、34、35外显子上各分别设计一条引物和Taqman-MGB探针；检测反应分3管进行，融合到ROS1的E32、E34、E35的融合类型分别检测，同时设置一个内参反应。本发明采用实时荧光PCR方法,能够检出ROS1的以下11种融合类型。
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公开(公告)号：CN109929833A
公开(公告)日：2019-06-25
申请号：CN201811595982.8
申请日：2018-12-25
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
IPC: C12N15/10 , C12Q1/6806
Abstract: 本发明公开了一种DNA片段分选\文库纯化用的磁珠，其特征在于，所述的分选磁珠，按重量份计，包括如下组成部分：孔径1μm的含羧基官能团的裸磁珠38-42份；磁珠分选母液350-370份；其中，所述的磁珠分选母液中包含浓度为190-210mg/ml PEG 8000和浓度为3.3-3.5M/L的NaCl。本发明还公开了其分选方法。本发明的有益效果在于：大大节约了磁珠的使用成本，本发明所使用的分选用磁珠，每400ml报价约4-5千人民币。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN109680041A
公开(公告)日：2019-04-26
申请号：CN201811594696.X
申请日：2018-12-25
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
IPC: C12Q1/6806
CPC classification number: C12Q1/6806 , C12Q2527/113 , C12Q2527/146 , C12Q2527/125
Abstract: 本发明公开了一种基于简化基因组测序的测序样品的处理方法，包括如下步骤：步骤一：提取目标基因组DNA；步骤二：将步骤(1)所得基因组DNA进行定量；步骤三：根据步骤(2)DNA浓度测定结果，选取500ng DNA作为酶切起始量，使用EcoR1和Mse1进行组合酶切，酶切时间至少3个小时；步骤四：以步骤(3)所得DNA酶切产物进行后续建库，并上机测序。本发明的有益效果在于：本发明通过优化测序当中的测序起始量、酶切时间，接头的碱基平衡，就能够有效的增加文库的有效数据比例和高质量的数据的产出。
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公开(公告)号：CN108559743A
公开(公告)日：2018-09-21
申请号：CN201710720424.9
申请日：2017-08-21
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
IPC: C12N15/11
Abstract: 本发明公开的一种新型的GBS建库接头结构，包括首尾两种接头，分别称做P1接头和P2接头,其中所述P1接头为线性接头，含4-10个碱基标签序列；所述P1接头为Y型接头，是由2-10种不同片段长度接头组成的混合接头。本发明具有如下优点：1、P1和P2接头通过对酶切位点粘性末端的一个碱基的替换，是酶切位点一旦链接就不会再被切开，提高了链接效率。2、P1接头通过4-10个碱基个数的错开排列，避免Reads1测序碱基不平衡造成测序质量差问题。3、P2接头通过插入0-4个碱基个数的错开排列，避免Reads2测序碱基不平衡造成测序质量差问题。4、P2接头末端通过引入Y型结构，有效减少接头的自链，从而进一步提高链接效率。
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公开(公告)号：CN107391965A
公开(公告)日：2017-11-24
申请号：CN201710698777.3
申请日：2017-08-15
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
IPC: G06F19/22
CPC classification number: G06F19/22
Abstract: 本发明公开的一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，包括如下步骤：(1)质量控制步骤；(2)序列对比步骤；(3)变异检测步骤；(4)变异注释步骤；(5)结果报告步骤。本发明与现有技术相比，具有如下优点：(1)检测结果的可靠性。(2)检测内容的多样化。(3)检测方法的灵活性。(4)数据结果的可视化。
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公开(公告)号：CN112522251A
公开(公告)日：2021-03-19
申请号：CN202011592543.9
申请日：2020-12-29
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明公开了一种用于Hi‑C的动物组织提取方法，包括下列步骤：1)样本处理，2)组织交联，3)组织裂解及其酶切，4)生物素标记及其连接5)核酸提取，6)片段化及其生物素富集，通过本发明有效提高基因组范围内染色质交互的高通量检测的成功率,通过本发明的使用使分析简单，加快了数据提取，降低了后期分析的难度。
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公开(公告)号：CN111826374A
公开(公告)日：2020-10-27
申请号：CN202010832573.6
申请日：2020-08-18
Applicant: 上海派森诺生物科技股份有限公司
IPC: C12N15/10 , C12Q1/6806
Abstract: 本发明公开了一种RNA病毒核酸提取液，其特征在于，包括：200μl～400ul裂解液；400ul～600ul漂洗液A；400ul～600ul漂洗液B；50ul～100ul洗脱液；20ul～40ul磁珠；5～6μlCarrierRNA；所述裂解液中，以1升的含量计算，包括如下组分：50mM～100mMTris；10mM～50mMEDTA；0.1M～0.2MNACL；4.5M～5MGITC；0.1％～0.2％SDS；5％～8％Tween-20；3％～5％TritonX-100；0.05％～0.2％β-ME。本发明还公开了提取方法。本发明通过在裂解液中加入β-ME，抑制了Rnase酶活性，从而有效地防止了RNA的降解，通过控制上样比例在保证得率的同时，降低了提取时样本间的污染。另外本发明的方法20min即可实现核酸的提取，提取效率高。
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