公开(公告)号：CN120005999A

公开(公告)日：2025-05-16

申请号：CN202510117780.6

申请日：2025-01-24

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 陈豪燕 ,  洪洁 ,  胡慕妮 ,  朱小强 ,  房静远 ,  黄孝雯 ,  李灵翕

IPC: C12Q1/6886 ,  C12Q1/689 ,  G01N33/50 ,  G16H70/40 ,  C12R1/145 ,  C12R1/46 ,  C12R1/225 ,  C12R1/01

Abstract: 本发明公开了一种肠道菌群和代谢产物在预测免疫检查点抑制剂治疗疗效中的用途，所述肠道菌群和代谢产物包括12种微生物菌和3种代谢产物。本发明通过筛选获得了与免疫检查点抑制剂治疗疗效相关的特征肠道菌群和特征代谢产物，并进一步整合特征肠道菌群和特征代谢产物可显著提高预测能力，经验证其AUC可达0.88，具有非常好的应用前景。

公开(公告)号：CN117965766A

公开(公告)日：2024-05-03

申请号：CN202410144405.6

申请日：2024-02-01

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 陈豪燕 ,  洪洁 ,  朱小强 ,  房静远 ,  黄孝雯 ,  胡慕妮

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C40B50/06 ,  A61K35/24 ,  A61K35/741 ,  A61P35/00

Abstract: 本发明公开了一种免疫检查点抑制剂疗效相关肠型的分型方法及其在菌群移植治疗中的应用，该肠型分型方法包括以下步骤：S1、将待分型的粪便样本收集后，提取样本中总微生物基因组DNA；S2、将提取的DNA进行超声打断处理，得片段化的DNA；S3、将片段化的DNA建库，然后进行双端测序；S4、根据测序结果，获得其中各特征菌的丰度值，然后将各特征菌的丰度值代入如下公式中计算肠型评分；S5、根据肠型评分结果，当肠型评分大于‑0.292时，判定为E/AE型肠型；反之则判定为E/AD型肠型。通过该方法筛选特定肠型A/AE型，并基于该A/AE型肠型来源的粪便进行菌群移植后发现其具有明显增强抗PD‑1抑制剂疗效的作用，其与抗PD‑1抑制剂共同作用后可显著减小肿瘤体积。

公开(公告)号：CN117219154A

公开(公告)日：2023-12-12

申请号：CN202311198646.0

申请日：2023-09-18

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 陈豪燕 ,  洪洁 ,  胡慕妮 ,  房静远 ,  肖秀英 ,  林晓琳 ,  黄孝雯 ,  朱小强

IPC: G16B5/00 ,  G16B40/00 ,  G16B30/00 ,  G16H70/40 ,  C12Q1/689 ,  C12R1/01 ,  C12R1/225 ,  C12R1/46

Abstract: 本发明提供了一种用于预测免疫检查点抑制剂抗PD‑1和/或PD‑L1抗体免疫治疗疗效的肠道菌群标志物组合，所述肠道菌群标志物选自16种细菌靶点。本发明还提供了一种用于预测免疫检查点抑制剂抗PD‑1和/或PD‑L1抗体药物免疫治疗疗效的试剂盒，所述的试剂盒含有检测16种肠道菌群标志物的试剂，并基于模型微生物丰度计算免疫治疗获益评分Response score(RS),使用约登指数计算疗效获益评分的截断值(RS＝0.445071)，如果患者治疗获益评分大于0.445071，表明患者属于免疫治疗获益率高人群，反之属于免疫治疗获益率低人群。本发明通过构建出免疫治疗反应相关的微生物预测模型，根据模型计算的获益评分可预测接受免疫治疗患者免疫治疗疗效。

公开(公告)号：CN119685502A

公开(公告)日：2025-03-25

申请号：CN202510117772.1

申请日：2025-01-24

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 陈豪燕 ,  洪洁 ,  胡慕妮 ,  朱小强 ,  房静远 ,  黄孝雯 ,  李灵翕

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q1/6869 ,  A61K35/741 ,  A61K45/06 ,  A61P35/00

Abstract: 本发明公开了一种基于菌群移植受体的肠型分型方法及其在免疫检查点抑制剂治疗疗效预测中的应用，所述肠型分型方法为：将来自菌群移植受体的粪便样本进行DNA测序，获得特征菌群的相对丰度值在总菌群中的占比，将特征菌群1)的相对丰度值在总菌群中的占比最高时判定为E_Rumin肠型；特征菌群2)的相对丰度值占比最高时判定为E_Esch肠型；特征菌群3)的相对丰度值占比最高时判定为E_Bact肠型；特征菌群4)的相对丰度值占比最高时判定为E_Clos肠型；特征菌群5)的相对丰度值占比最高时判定为E_Prev肠型。根据肠型的分型可预测菌群移植受体对免疫检查点抑制剂的治疗疗效，并验证了当肠型分型为E_Rumin肠型或E_Bact肠型时，预测免疫检查点抑制剂治疗疗效好。

公开(公告)号：CN116504409A

公开(公告)日：2023-07-28

申请号：CN202310467085.3

申请日：2023-04-27

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 陈豪燕 ,  洪洁 ,  胡慕妮 ,  房静远 ,  黄孝雯 ,  朱小强

IPC: G16H50/50 ,  G16H50/70 ,  G16B30/10 ,  G16B40/20 ,  C12Q1/6851

Abstract: 一种免疫相关不良反应事件发生的预测模型的构建方法，使用外部数据构建基于肠道菌群丰度预测不良反应发生的模型，并提出免疫相关不良反应发生的评分RF score，使用约登指数计算RF score的截断值，如果患者评分RF score小于0.499，表明患者属于免疫治疗不良反应高风险人群，反之属于免疫治疗不良反应低风险人群。本发明还提供了肠道菌群标志物在制备预测免疫治疗不良反应的试剂盒中应用，肠道菌群为Enterococcus faecalis、Massilimicrobiota timonensis等十四个。本发明能够基于基线肠道微生物丰度对免疫治疗不良反应进行预测并划分高低风险人群。