公开(公告)号：CN118366517B

公开(公告)日：2024-09-27

申请号：CN202410759385.3

申请日：2024-06-13

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 杨洋 ,  王圣文 ,  陈晓 ,  黄奎 ,  鲍宏亮 ,  杨栋磊 ,  王鹏飞

IPC: G11C13/02 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明公开了一种基于核酸纳米框架空间三维芯片的自定义长单链DNA的制备方法与信息存储的应用。本发明以一种DNA框架纳米结构作为三维空间芯片，利用芯片内精确的空间位点定义彼此连接的序列顺序，通过设计桥接链将2‑30条任意序列的寡核苷酸依序连接并通过酶促连接获得完整的环状单链DNA，实现自定义单链的制备。本发明还提供了信息在三维空间内的存储读取与信息库的构建与随机访问。对于储存信息的读取，利用模式细菌进行自主复制，通过对细菌进行简单测序，即可获得目的信息。本发明方法与现有的信息存储的方法相比，具有设计可控性，精确可寻址性等优势；且大大简化了利用DNA进行信息存储后读取的复杂步骤。

公开(公告)号：CN116426612A

公开(公告)日：2023-07-14

申请号：CN202310356682.9

申请日：2023-04-06

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 王鹏飞 ,  余志才 ,  杨栋磊

IPC: C12Q1/6844

Abstract: 本发明公开了一种基于RNase H酶和链置换信号扩增的核酸检测体系，该该体系包括缓冲液和底物、RNase H酶、检测目标；所述底物为toehold位于5’端的互补RNA双链，所述底物中的一条RNA链在3‘端修饰荧光基团，另一条RNA链在5’端修饰淬灭基团，荧光基团和淬灭基团形成荧光‑淬灭对；所述toehold位于5’端的互补RNA双链带有5’端toehold。本申请一种基于RNase H酶和链置换信号扩增的核酸检测体系及其方法不仅能在较低的恒温下工作，而且不需要多种酶协同作用，也不需要设计复杂的引物，能够在短时间内实现核酸检测的任务。本发明设计的核酸检测方法不涉及靶标核酸的扩增，减少了假阳性的可能性。

公开(公告)号：CN116377027A

公开(公告)日：2023-07-04

申请号：CN202310356683.3

申请日：2023-04-06

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 王鹏飞 ,  史辰致 ,  杨栋磊

IPC: C12Q1/6818

Abstract: 本发明公开了一种基于DNAzyme的多种疾病靶标检测和治疗体系，该体系包括DNAzyme(S1)、检测靶标(S2)、切割底物(S3)；所述DNAzyme(S1)包括环1和环2，所述环1为10‑23DNA酶保守催化结构域，所述环2是与检测靶标(S2)完全互补配对的核酸序列；所述DNAzyme(S1)开始时处于切割活性受抑制状态，体系中加入检测靶标(S2)，激活DNAzyme(S1)的切割活性，切割底物(S3)释放荧光实现信号放大，实时检测荧光信号以实现检测目的。本申请一种基于DNAzyme的多种疾病靶标检测和治疗体系具有体系简单、通用性强、敏感性高、室温检测等优势，只需DNA酶一步放大即可实现microRNA fM级检测限(LOD)。

公开(公告)号：CN118366517A

公开(公告)日：2024-07-19

申请号：CN202410759385.3

申请日：2024-06-13

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 杨洋 ,  王圣文 ,  陈晓 ,  黄奎 ,  鲍宏亮 ,  杨栋磊 ,  王鹏飞

IPC: G11C13/02 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

Abstract: 本发明公开了一种基于核酸纳米框架空间三维芯片的自定义长单链DNA的制备方法与信息存储的应用。本发明以一种DNA框架纳米结构作为三维空间芯片，利用芯片内精确的空间位点定义彼此连接的序列顺序，通过设计桥接链将2‑30条任意序列的寡核苷酸依序连接并通过酶促连接获得完整的环状单链DNA，实现自定义单链的制备。本发明还提供了信息在三维空间内的存储读取与信息库的构建与随机访问。对于储存信息的读取，利用模式细菌进行自主复制，通过对细菌进行简单测序，即可获得目的信息。本发明方法与现有的信息存储的方法相比，具有设计可控性，精确可寻址性等优势；且大大简化了利用DNA进行信息存储后读取的复杂步骤。

公开(公告)号：CN117990909A

公开(公告)日：2024-05-07

申请号：CN202410140133.2

申请日：2024-02-01

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 王鹏飞 ,  叶晶 ,  杨栋磊

IPC: G01N33/574 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6886 ,  C12N15/11 ,  G16B25/20 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种检测并定量膜表面蛋白的探针，该探针包括检测探针和计数探针；所述检测探针靶向膜特征蛋白和在肿瘤发生发展过程中发挥作用的膜表面蛋白。使用方法步骤：当检测探针和计数探针同时结合到膜上，互补区域结合，在酶的作用下，两条链发生延伸，补足成双链；再对延伸产物进行PCR扩增，提纯回收目的条带送NGS测序；获得测序结果后对数据进行生信分析，通过对原始数据筛选过滤后得到清洁数据；再与参考序列比对，抓取比对上的数据提取信息，生成蛋白计数矩阵，实现多种膜表面蛋白的精确定量。本发明可以一锅法同时检测多种膜表面蛋白，中间不需要清洗步骤，最重要的是本发明设计的表面蛋白检测方法不依赖于抗体，且能够做到精确定量。

公开(公告)号：CN120082638A

公开(公告)日：2025-06-03

申请号：CN202510249564.7

申请日：2025-03-04

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 王鹏飞 ,  史辰致 ,  杨栋磊

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种基于纳米孔的全长RNA分子的序列、表观遗传修饰的靶向直接测序方法，属于RNA测序技术领域。本发明针对纳米孔无法直接靶向测序RNA的问题，设计了延伸接头以延长RNA分子的5’和3’端，补偿末端的高测序误差，从而使中间的RNA序列得到完整的测序；延伸接头包括DNA探针、5’延伸RNA(ER5)和3’延伸RNA(ER3)，DNA探针可以特异性地捕获RNA分子并增强与延伸RNA的连接，在很大程度上减少RNA或延伸RNA的自连接，以确保高效准确的RNA延伸，还基于序列互补捕获靶向RNA，不仅减轻了不同序列引起的连接偏差，而且可以对感兴趣的RNA种类进行靶向测序。本发明通过构建基于纳米孔的特异RNA的靶向直接测序方法，解决了基于纳米孔直接测序中RNA测不到、测不准等问题，实现高通量、高精度RNA测序，实现全长RNA直接测序，单次测序同时获得RNA的丰度、序列、表观遗传修饰等信息，还可以结合机器学习等方法构建癌症诊断模型，实现癌症的高准确度、高特异性诊断。