公开(公告)号：CN116377027A

公开(公告)日：2023-07-04

申请号：CN202310356683.3

申请日：2023-04-06

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 王鹏飞 ,  史辰致 ,  杨栋磊

IPC: C12Q1/6818

Abstract: 本发明公开了一种基于DNAzyme的多种疾病靶标检测和治疗体系，该体系包括DNAzyme(S1)、检测靶标(S2)、切割底物(S3)；所述DNAzyme(S1)包括环1和环2，所述环1为10‑23DNA酶保守催化结构域，所述环2是与检测靶标(S2)完全互补配对的核酸序列；所述DNAzyme(S1)开始时处于切割活性受抑制状态，体系中加入检测靶标(S2)，激活DNAzyme(S1)的切割活性，切割底物(S3)释放荧光实现信号放大，实时检测荧光信号以实现检测目的。本申请一种基于DNAzyme的多种疾病靶标检测和治疗体系具有体系简单、通用性强、敏感性高、室温检测等优势，只需DNA酶一步放大即可实现microRNA fM级检测限(LOD)。

公开(公告)号：CN120082638A

公开(公告)日：2025-06-03

申请号：CN202510249564.7

申请日：2025-03-04

Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院

Inventor： 王鹏飞 ,  史辰致 ,  杨栋磊

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种基于纳米孔的全长RNA分子的序列、表观遗传修饰的靶向直接测序方法，属于RNA测序技术领域。本发明针对纳米孔无法直接靶向测序RNA的问题，设计了延伸接头以延长RNA分子的5’和3’端，补偿末端的高测序误差，从而使中间的RNA序列得到完整的测序；延伸接头包括DNA探针、5’延伸RNA(ER5)和3’延伸RNA(ER3)，DNA探针可以特异性地捕获RNA分子并增强与延伸RNA的连接，在很大程度上减少RNA或延伸RNA的自连接，以确保高效准确的RNA延伸，还基于序列互补捕获靶向RNA，不仅减轻了不同序列引起的连接偏差，而且可以对感兴趣的RNA种类进行靶向测序。本发明通过构建基于纳米孔的特异RNA的靶向直接测序方法，解决了基于纳米孔直接测序中RNA测不到、测不准等问题，实现高通量、高精度RNA测序，实现全长RNA直接测序，单次测序同时获得RNA的丰度、序列、表观遗传修饰等信息，还可以结合机器学习等方法构建癌症诊断模型，实现癌症的高准确度、高特异性诊断。