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公开(公告)号：CN110600080A
公开(公告)日：2019-12-20
申请号：CN201910850896.5
申请日：2019-09-10
Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院
Abstract: 本发明提供了一种基于多维度分析框架的功能核酸全面识别方法，包括：基于核酸文库测序数据，利用多维度分析框架对功能核酸进行筛选；所述多维度分析框架包括：结构域/模式序列含量Kscore、核酸家族富集程度Fscore与结构稳定性Sscore三个方面。本发明首次提出了一个多维度分析框架，基于多水平的结构分析和序列分析，利用无监督学习、模式序列搜索、结构模拟等技术手段，对核酸适体序列进行多维度评估,从而识别具有靶标结合能力的核酸适体。本算法具有高效处理高通量数据、全面识别高性能核酸适体的能力。
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公开(公告)号：CN110592093A
公开(公告)日：2019-12-20
申请号：CN201910850939.X
申请日：2019-09-10
Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院
IPC: C12N15/115 , C12N5/09 , G16B40/00 , G16B40/30 , G01N33/68 , G01N33/574
Abstract: 本发明提供了一种能够识别EpCAM蛋白的核酸适体，其特征在于，其为SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:11中任一序列所示的DNA片段。本发明通过多维度分析框架筛选得到的能够识别EpCAM蛋白的核酸适体具有比蛋白抗体更高的亲和力与特异性，将成为EpCAM检测的有力工具，在肿瘤早期诊断、循环肿瘤细胞捕获等领域具有良好的应用前景。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110592093B
公开(公告)日：2023-08-25
申请号：CN201910850939.X
申请日：2019-09-10
Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院
IPC: C12N15/115 , C12N5/09 , G16B40/00 , G16B40/30 , G01N33/68 , G01N33/574
Abstract: 本发明提供了一种能够识别EpCAM蛋白的核酸适体，其特征在于，其为SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:11中任一序列所示的DNA片段。本发明通过多维度分析框架筛选得到的能够识别EpCAM蛋白的核酸适体具有比蛋白抗体更高的亲和力与特异性，将成为EpCAM检测的有力工具，在肿瘤早期诊断、循环肿瘤细胞捕获等领域具有良好的应用前景。
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公开(公告)号：CN116612817A
公开(公告)日：2023-08-18
申请号：CN202310581873.5
申请日：2023-05-22
Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院
IPC: G16B20/30 , G06N20/00 , G06N3/0895
Abstract: 本发明涉及一种对多样本混合的单细胞数据混样拆分的方法，属于单细胞分析技术领域。包括分别进行多样本混合的单细胞测序和各样本单独的批量线粒体测序；提取线粒体变异位点频率矩阵；筛选差异较大的高可变位点，对每个细胞与每个样本进行高可变位点频率的相关性系数计算，将每个单细胞中相关性系数值最大且大于0的对应样本作为该细胞的样本标签；通过半监督的机器学习模型，将单细胞线粒体变异位点频率矩阵中细胞间位点频率的相关性系数作为边，将每个单细胞作为点，从已知样本标签的点开始，将标签通过边向未知样本标签的点传播，直至达到模型停止条件，输出每个单细胞的预测标签。通过本发明获得的结果准确度高，计算效率高。
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公开(公告)号：CN110600080B
公开(公告)日：2023-04-18
申请号：CN201910850896.5
申请日：2019-09-10
Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院
Abstract: 本发明提供了一种基于多维度分析框架的功能核酸全面识别方法，包括：基于核酸文库测序数据，利用多维度分析框架对功能核酸进行筛选；所述多维度分析框架包括：结构域/模式序列含量Kscore、核酸家族富集程度Fscore与结构稳定性Sscore三个方面。本发明首次提出了一个多维度分析框架，基于多水平的结构分析和序列分析，利用无监督学习、模式序列搜索、结构模拟等技术手段，对核酸适体序列进行多维度评估,从而识别具有靶标结合能力的核酸适体。本算法具有高效处理高通量数据、全面识别高性能核酸适体的能力。
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公开(公告)号：CN115927705A
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN202210895408.4
申请日：2022-07-27
Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , C12R1/645
Abstract: 本发明公开了用于快速鉴定多种皮肤癣菌的引物组。基于k‑mer比对计数策略的序列设计新工具，设计筛选获得针对常见的皮肤癣菌红色毛癣菌，须癣毛癣菌，以及犬小孢子菌的扩增引物及探针序列，最终获得了一组能够特异性扩增多种皮肤癣菌的引物，建立了多重荧光定量PCR反应体系，并优化获得了合适的扩增条件。本发明因此建立了一套能够快速鉴定常见皮肤癣菌的检测体系，可以实现对多种真菌的同时快速鉴定，2小时左右即可获得检测结果，大大优于常规的真菌培养，显微检测的方法，且最低检测限能够达到0.025pg/μL，通过对实际临床样本的检测对比，与镜检方法的结果一致，具有极高的灵敏度、特异性和准确性。
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公开(公告)号：CN116844650A
公开(公告)日：2023-10-03
申请号：CN202310863572.1
申请日：2023-07-13
Applicant: 上海交通大学医学院附属仁济医院
IPC: G16B50/10 , G16B40/20 , G16B30/00 , G06N3/096 , G06N3/0985 , G06F18/213 , G06F18/2415
Abstract: 本发明公开了一种基于域泛化的可拓展测序数据中的细胞恶性状态注释方法，将来自不同组织的数据划分为不同的域进行特征提取，应用于单细胞或空间数据中细胞恶性状态的注释，训练基于多域的泛化模型来预测来自不同域(包括未知域)的测试数据的标签；在分类层由两个神经元输出恶性和非恶性分数；在领域泛化训练过程中，采用基于经验风险和方差的损失函数优化方法进行领域泛化，提高模型的泛化性能；达到循环停止条件后，输出训练完成的神经网络模型。本发明提供的方法能够精确地给目标样本分配准确的标签，用于注释细胞或空间恶性状态。
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