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公开(公告)号：CN110648317A
公开(公告)日：2020-01-03
申请号：CN201910881871.1
申请日：2019-09-18
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种适用于脊柱转移肿瘤骨质的质量分类方法及系统，所述方法包括：从DICOM文件中获取病人的CT图像数据，根据阈值提取的方法裁剪出脊椎椎体的区域；将骨质质量分类任务建模为成骨分类子任务和溶骨分类子任务，并使用多层感知机将两个子任务的结果进行合并；对于每一张横截面的CT图像，使用多任务学习的方式，同时学习骨质质量分类任务和后外侧受损情况分类任务，并共享不同任务的特征图；使用自步学习的方式，让模型优先学习容易的样本，再逐渐学习较为困难的样本。本发明通过同时学习多个相关的任务并特征共享，以及使用从易到难的自步学习方法，实现了对脊柱转移肿瘤骨质质量的精确分类。
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公开(公告)号：CN110144345B
公开(公告)日：2022-07-15
申请号：CN201910390311.6
申请日：2019-05-10
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明公开了一种从卵泡液中提取cfDNA的方法，通过对卵泡液样本两步离心去除多余细胞碎片；利用裂解液对卵泡液进行裂解，加入的蛋白酶K消化多余的蛋白，同时加入的Carrier RNA使DNA更易析出沉降；利用羧基磁珠对DNA的吸附作用；在高盐低pH的条件下，将卵泡液中的cfDNA吸附到磁珠上，经过盐洗涤和醇洗涤后，去除100bp以下的片段，洗脱后再次加入0.5倍体积的羧基磁珠，吸附并去除大于300bp的长片段，获得合适长度范围的cfDNA。同时对所获的cfDNA进行末端修复，产生平末端连接，并在3’末端添加碱基A，并在cfDNA两端添加接头并扩增纯化等，完成高通量文库的构建，最终完成上机测序。
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公开(公告)号：CN110144345A
公开(公告)日：2019-08-20
申请号：CN201910390311.6
申请日：2019-05-10
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明公开了一种从卵泡液中提取cfDNA的方法，通过对卵泡液样本两步离心去除多余细胞碎片；利用裂解液对卵泡液进行裂解，加入的蛋白酶K消化多余的蛋白，同时加入的Carrier RNA使DNA更易析出沉降；利用羧基磁珠对DNA的吸附作用；在高盐低pH的条件下，将卵泡液中的cfDNA吸附到磁珠上，经过盐洗涤和醇洗涤后，去除100bp以下的片段，洗脱后再次加入0.5倍体积的羧基磁珠，吸附并去除大于300bp的长片段，获得合适长度范围的cfDNA。同时对所获的cfDNA进行末端修复，产生平末端连接，并在3’末端添加碱基A，并在cfDNA两端添加接头并扩增纯化等，完成高通量文库的构建，最终完成上机测序。
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公开(公告)号：CN110660480B
公开(公告)日：2023-05-26
申请号：CN201910912803.7
申请日：2019-09-25
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种脊骨脱位辅助诊断方法及系统，所述方法包括：粗分割网络训练步骤：通过少量标注了脊骨椎体四个顶点的数据训练粗略的分割网络；滑窗提取步骤：对输入图像按照其中脊骨椎体的大小提取滑窗进行数据增广；特征提取步骤：对于输入的医疗影像通过深度神经网络提取高层语义特征；类别激活图生成步骤：利用分类网络中已有的参数生成类别激活图；专家知识引导步骤：利用分割网络得到粗略分割结果定位前后边缘的大致位置，并以此约束神经网络类别激活图中的概率分布。本发明对于脊骨脱位诊断的准确率和可解释性，并且在数据量较小时能保持很好的性能。
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公开(公告)号：CN110866921A
公开(公告)日：2020-03-06
申请号：CN201910989817.9
申请日：2019-10-17
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06T7/10
Abstract: 本发明提供了一种基于自训练和切片传播的弱监督脊椎椎体分割方法和系统，从病人的CT图像数据中获取每一张矢状面切片；以正中矢状面切片上每块脊骨的四个顶点作为标签，训练一个Mask RCNN分割网络；使用自训练的方法，并结合置信区域选择与条件随机场，来优化训练集标签；使用切片传播的方法，不断地扩充训练集，继续同一个分割网络，直至收敛。本发明能够仅通过一张矢状面的脊骨四个顶点标签，训练一个能对全部矢状面进行预测的分割模型，从而完成对脊椎椎体的三维分割。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110747269A
公开(公告)日：2020-02-04
申请号：CN201911023570.1
申请日：2019-10-25
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6883
Abstract: 本发明涉及一种用于PCOS诊断的颗粒细胞生物标志物及其筛选方法和诊断试剂盒，采用RNA-seq、miRNA-seq与MBD-seq技术联合分析的方法，在全基因组范围内筛选PCOS相关生物标志物，并发现了新的诊断标志物。标志物包括miR-429，miR-141-3p，和miR-126-3p；和/或，XIAP基因，BRD3基因，MAPK14基因和SLC7A5基因。与现有技术相比，本发明具有检测灵敏性和精确度高等优点。
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公开(公告)号：CN110648317B
公开(公告)日：2023-06-30
申请号：CN201910881871.1
申请日：2019-09-18
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06T7/00 , G06V10/764 , G06V10/82 , G06N3/0464 , G06N3/048 , G06N3/08 , G16H30/20
Abstract: 本发明提供了一种适用于脊柱转移肿瘤骨质的质量分类方法及系统，所述方法包括：从DICOM文件中获取病人的CT图像数据，根据阈值提取的方法裁剪出脊椎椎体的区域；将骨质质量分类任务建模为成骨分类子任务和溶骨分类子任务，并使用多层感知机将两个子任务的结果进行合并；对于每一张横截面的CT图像，使用多任务学习的方式，同时学习骨质质量分类任务和后外侧受损情况分类任务，并共享不同任务的特征图；使用自步学习的方式，让模型优先学习容易的样本，再逐渐学习较为困难的样本。本发明通过同时学习多个相关的任务并特征共享，以及使用从易到难的自步学习方法，实现了对脊柱转移肿瘤骨质质量的精确分类。
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公开(公告)号：CN110241211B
公开(公告)日：2023-03-28
申请号：CN201910552941.9
申请日：2019-06-25
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6886
Abstract: 诊断结直肠癌的分子组合标志物及检测试剂盒。本发明公开了一种microRNA hsa‑miR‑133a‑3p，hsa‑miR‑145‑5p，hsa‑miR‑1‑3p和hsa‑miR‑378d以及其对应靶基因MLEC，SET，PPIA，YY1作为结直肠癌诊断标志物及其应用，在人结直肠癌组织中表现为显著特异性高表达现象，能够明确清楚地表征结直肠肿瘤的发生。针对联合生物标志物hsa‑miR‑133a‑3p，hsa‑miR‑145‑5p，hsa‑miR‑1‑3p，hsa‑miR‑378d以及其对应靶基因MLEC，SET，PPIA，YY1的表达水平进行大规模检测，可以快速、便捷、准确及灵敏的预测和诊断结直肠癌的发生。
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公开(公告)号：CN110660480A
公开(公告)日：2020-01-07
申请号：CN201910912803.7
申请日：2019-09-25
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提供了一种脊骨脱位辅助诊断方法及系统，所述方法包括：粗分割网络训练步骤：通过少量标注了脊骨椎体四个顶点的数据训练粗略的分割网络；滑窗提取步骤：对输入图像按照其中脊骨椎体的大小提取滑窗进行数据增广；特征提取步骤：对于输入的医疗影像通过深度神经网络提取高层语义特征；类别激活图生成步骤：利用分类网络中已有的参数生成类别激活图；专家知识引导步骤：利用分割网络得到粗略分割结果定位前后边缘的大致位置，并以此约束神经网络类别激活图中的概率分布。本发明对于脊骨脱位诊断的准确率和可解释性，并且在数据量较小时能保持很好的性能。
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公开(公告)号：CN110241211A
公开(公告)日：2019-09-17
申请号：CN201910552941.9
申请日：2019-06-25
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6886
Abstract: 诊断结直肠癌的分子组合标志物及检测试剂盒。本发明公开了一种microRNA hsa-miR-133a-3p，hsa-miR-145-5p，hsa-miR-1-3p和hsa-miR-378d以及其对应靶基因MLEC，SET，PPIA，YY1作为结直肠癌诊断标志物及其应用，在人结直肠癌组织中表现为显著特异性高表达现象，能够明确清楚地表征结直肠肿瘤的发生。针对联合生物标志物hsa-miR-133a-3p，hsa-miR-145-5p，hsa-miR-1-3p，hsa-miR-378d以及其对应靶基因MLEC，SET，PPIA，YY1的表达水平进行大规模检测，可以快速、便捷、准确及灵敏的预测和诊断结直肠癌的发生。
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