-
公开(公告)号：CN115964141A
公开(公告)日：2023-04-14
申请号：CN202211556780.9
申请日：2022-12-06
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06F9/48 , G06F15/163
Abstract: 本发明提供了一种面向BWA‑MEM序列比对软件的异构加速系统及其实现方法，包括CPU程序和FPGA加速器；所述CPU程序采用异构批处理策略，解析输入比对文件、按顺序启动FPGA加速器、处理FPGA加速器输出、执行BWA‑MEM中种子过滤算法和种子链生成算法；所述异构批处理策略，针对种子生成阶段的SMEM搜索算法和种子延展阶段的Smith‑Waterman算法进行批处理重构。本发明在输出结果与原BWA‑MEM软件完全相同的情况下，大幅提高BWA‑MEM软件比对速度，提升序列比对吞吐量。
Search Results
1
records
(took 0.017 seconds)
筛选
AND
AND
过滤
NOT
NOT
Scan to Join
