公开(公告)号：CN118792388B

公开(公告)日：2025-04-01

申请号：CN202411108406.1

申请日：2024-08-13

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 张宏陆 ,  张欢 ,  柴家辉 ,  郭晴

IPC: C12Q1/682 ,  C12Q1/6886 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于生物技术领域，涉及一种基于CRISPR技术的eccDNA快速检测方法，所述方法使用CRISPR‑Cas9系统靶向包含目标序列的eccDNA，在靶位点的切口处进行单链DNA探针辅助的酶修饰之后，直接在恒温下对目标eccDNA开启滚环扩增，再使用CRISPR‑Cas14系统靶向结合单链状态的滚环扩增产物，激发Cas14的反式切割活性，实现对信号的二次放大；本发明由于在检测过程中存在多步特异性识别与信号放大过程，在对eccDNA进行检测前，不需要对基因组内存在的线性DNA进行消化，显著缩短了染色体外环状DNA的检测时间，降低了检测成本，能实现1fM水平的检测限，能成功在肿瘤细胞中检测到携带肿瘤疾病相关基因片段的eccDNA。

公开(公告)号：CN118792388A

公开(公告)日：2024-10-18

申请号：CN202411108406.1

申请日：2024-08-13

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 张宏陆 ,  张欢 ,  柴家辉 ,  郭晴

IPC: C12Q1/682 ,  C12Q1/6886 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于生物技术领域，涉及一种基于CRISPR技术的eccDNA快速检测方法，所述方法使用CRISPR‑Cas9系统靶向包含目标序列的eccDNA，在靶位点的切口处进行单链DNA探针辅助的酶修饰之后，直接在恒温下对目标eccDNA开启滚环扩增，再使用CRISPR‑Cas14系统靶向结合单链状态的滚环扩增产物，激发Cas14的反式切割活性，实现对信号的二次放大；本发明由于在检测过程中存在多步特异性识别与信号放大过程，在对eccDNA进行检测前，不需要对基因组内存在的线性DNA进行消化，显著缩短了染色体外环状DNA的检测时间，降低了检测成本，能实现1fM水平的检测限，能成功在肿瘤细胞中检测到携带肿瘤疾病相关基因片段的eccDNA。